Войти
 | |
 Веб-инструменты и ресурсы по информатике нейровизуализации: совместная работа, тестирование, и вычислить | |
| Тип сайта | Совместная работа, Система управления разработкой программного обеспечения, Наборы данных, Вычислительная среда |
|---|---|
| URL | www.nitrc.org |
| Пользователи | Более 300000 |
Инструменты и ресурсы для нейровизуализации Collaboratory (NITRC ) - это среда знаний по нейровизуализации и информатике для MR, ПЭТ / ОФЭКТ, КТ, ЭЭГ / МЭГ, оптическая визуализация, клиническая нейроинформатика, визуализация геномики, а также инструменты и ресурсы для вычислительной нейробиологии.
Начатый в 2006 г. и в настоящее время финансируемый NIH номер гранта: 1R24EB029173, миссия NITRC заключается в обеспечении удобной для пользователя среды знаний, которая позволяет распространять, улучшать и внедрять инструменты и ресурсы нейровизуализации. и расширился от МРТ до визуальной геномики, ЭЭГ / МЭГ, ПЭТ / ОФЭКТ, КТ, оптической визуализации, клинической нейроинформатики и вычислительной нейробиологии. Поддерживая 143 000 просмотров страниц в месяц, более 1000 инструментов и ресурсов NITRC были загружены более 11,4 миллионов раз 1,4 миллионами пользователей.
Целью NITRC является поддержка исследователей, посвятивших себя совершенствованию, внедрению, распространению и внесению вклада в развитие ранее финансируемых инструментов и ресурсов анализа нейровизуализации для более широкого использования сообществом. Продвигая программные инструменты, рабочие процессы, ресурсы, словари, тестовые данные и предварительно обработанные, созданные сообществом изображения через свой репозиторий изображений (NITRC-IR), NITRC предоставляет исследователям более широкий и более эффективный доступ к необходимым инструментам и ресурсам; лучшая категоризация и организация существующих инструментов и ресурсов с помощью контролируемого словаря; облегчение взаимодействия между исследователями и разработчиками через форумы, прямой контакт по электронной почте, рейтинги и обзоры; и содействие лучшему использованию за счет расширенной документации.
Чтобы удовлетворить разрозненные потребности разработчиков и исследователей нейровизуализации информатики, NITRC предлагает совместную функциональность, аналогичную той, которая есть на таких платформах, как GitHub и SourceForge. Чтобы обеспечить такую функциональность, мы настроили проект GForge с открытым исходным кодом. Таким образом, в NITRC каждый инструмент или ресурс имеет возможность предлагать описательный контент, а также использовать MediaWiki, CVS / SVN, отслеживание ошибок, новости и форумы для распространения информации и загрузок. Размещенный на серверах NITRC и связанный с существующими веб-сайтами, NITRC является источником инструментов и ресурсов информатики нейровизуализации.
Запущенная в 2007 году с гибким графиком программирования, команда NITRC продолжает определять приоритеты и внедрять функциональные и дизайнерские улучшения, чтобы сделать веб-сайт еще более доступным. В то время как научный охват расширяется, расширяются расширенные услуги NITRC, которые включают репозиторий изображений для поддержки обмена данными изображений и службу вычислительной среды на Amazon Marketplace для поддержки выполнения сложного вычислительного анализа данных изображений.
Набор сервисов центра обмена информацией по инструментам и ресурсам нейровизуализации (NITRC) включает:
Репозиторий ресурсов NITRC (NITRC-R) - это среда для совместной работы. что позволяет распространять, совершенствовать и внедрять инструменты и ресурсы нейроинформатики по всему миру. Сфера научных интересов NITRC-R включает МРТ, ПЭТ / ОФЭКТ, КТ, ЭЭГ / МЭГ, оптическую визуализацию, клиническую нейроинформатику, визуализацию геномики и, в последнее время, вычислительную нейробиологию.
Репозиторий изображений NITRC (NITRC-IR), основанный на XNAT, представляет собой курируемый репозиторий отсканированных изображений DICOM и NIfTI с возможностью поиска по метаданным, таким как диагноз, руки, пол или группа. Наборы данных NITRC-IR включают в себя: функциональные коннекомы, обмен данными визуализации мозга при аутизме (ABIDE), образец, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.
Вычислительная среда NITRC (NITRC-CE) - это виртуальная служба вычислений больших данных, предварительно настроенная с использованием популярных инструментов анализа программного обеспечения нейровизуализации, позволяющая выполнять вычисления с оплатой по мере использования. Использование AWS EC2 и NeuroDebian, NITRC-CE и NITRC-CE для кластерных вычислительных инстансов доступно на AWS Marketplace. Также доступен общедоступный Amazon Machine Instance (AMI).
Триада услуг NITRC обслуживает глобальное исследовательское сообщество в области нейроинформатики, 64% пользователей которого - из США, Китая, Германии, Великобритании и Канады. Благодаря более чем 3,2 миллиона просмотров страниц и 747 000 посещений 335 200 уникальными посетителями, NITRC-R обеспечивает доступ к постоянно растущему числу инструментов и ресурсов нейроинформатики (630). NITRC-IR предлагает 4800 объектов для поиска в 9 проектах, чтобы способствовать повторному использованию и интеграции этих ценных общих данных. В среднем 20 900 посещений и 76 200 просмотров страниц в месяц, программное обеспечение и данные из NITRC-R и NITRC-IR были загружены более 1,3 миллиона раз. NITRC-CE обеспечивает упрощенное развертывание облачных вычислений, которые поддерживают FreeSurfer, FSL, AFNI и многие другие программные ресурсы. В реальных тестах обработки репрезентативное вычисление, которое заняло бы 24 часа на мощном настольном компьютере, заняло 25% времени (8 часов) при затратах всего 4 доллара. Тест представлял собой вычисление морфометрии на основе вокселей (VBM) FSL на 64 объектах из CANDIShare, запущенного на настольном компьютере Mac Intel Xeon с тактовой частотой 2,8 ГГц, в сравнении с экземпляром AWS Large (m1.large) с использованием распараллеливания SGE по 4 ядрам.
NITRC возглавляется Медицинской школой Массачусетского университета в Вустере, Массачусетс; и построен и эксплуатируется в сотрудничестве с TCG, Inc. из Вашингтона, округ Колумбия; Preuss Enterprises, Inc., Флорида; и The Paulson Venture, CA. NITRC-R и NITRC-IR размещаются в Центре исследований биологических систем Калифорнийского университета в Сан-Диего. В настоящее время в команду входят: Дэвид Кеннеди и Кристиан Хазелгроув, UMMS; Нина Пройсс, PMP, Preuss Enterprises Inc.; Мэтью Трэверс и Эл Кроули, TCG, Inc.; и Эбби Полсон, The Paulson Venture.
