Войти
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | база данных взаимодействий внеклеточного матрикса. |
| Типы данных захвачены | База данных взаимодействий, биохимия, Biacore, SPR |
| Организмы | Все (возможно только для людей) |
| Связаться с нами | |
| Лаборатория | IBCP - UMR5086 CNRS / Univ Lyon1 - ФРАНЦИЯ |
| Авторы | Эмили Шотар, Гийом Лоне, Николя Тьерри-Миег, Ромен Сальса, Франк Пейсселон, Мари Фату-Ардоре, Софиан Бадауи, Сильвен Валле, Лионель Баллют, Дориан Мульто, Сильви Рикар-Блюм. |
| Основное цитирование | PMID 20852260 |
| Доступ | |
| Стандарты | PSI-MI |
| Интернет сайт | http://matrixdb.univ-lyon1.fr |
MatrixDB - это биологическая база данных, ориентированная на молекулярные взаимодействия между внеклеточными белками и полисахаридами. MatrixDB принимает во внимание мультимерную природу внеклеточных белков (например, мультимеры, коллагены, ламинины и тромбоспондины). База данных была первоначально выпущена в 2009 году и поддерживается исследовательской группой Сильви Рикар-Блюм в UMR5246, Университет Клода Бернара, Лион 1.
MatrixDB связан с UniGene и Атласом белков человека. Он также позволяет пользователям создавать индивидуализированные сети взаимодействия для конкретных тканей и заболеваний, которые можно анализировать и визуализировать с помощью Cytoscape или Medusa.
MatrixDB является активным членом Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx), группы основных публичных поставщиков данных о взаимодействии. Другие участвующие базы данных включают базу данных сети биомолекулярного взаимодействия (BIND), IntAct, базу данных молекулярного взаимодействия (MINT), MIPS, MPact и BioGRID. Базы данных IMEx работают вместе, чтобы предотвратить дублирование усилий, собирая данные из неперекрывающихся источников и обмениваясь тщательно подобранными данными взаимодействия. Консорциум IMEx также работал над разработкой стандартного XML-формата HUPO - PSI -MI для аннотирования и обмена данными взаимодействия. MatrixDB включает данные о взаимодействии, извлеченные из литературы путем ручного подбора, и предлагает доступ к релевантным данным с участием внеклеточных белков, предоставленным партнерскими базами данных IMEx через веб-сервис PSICQUIC, а также к данным из справочной базы данных по белкам человека.
