Эстония имеет одну из самых маленьких мусульманских общин в Европе. По данным переписи 2011 года, количество людей, исповедующих ислам, составляло 1508 в Эстонии, или 0,14% от общей численности населения. Число практикующих мусульман невелико, и в отсутствие мечети Исламский культурный центр Турат служит центром поклонения.
Первые мусульмане в Эстонии были в основном суннитами татары и шиа азербайджанцы, освобожденные от военной службы в российской армии после Эстонии и Ливония была завоевана Российской империей в 1721 году. Подавляющее большинство мусульман иммигрировало в Эстонию во время советской оккупации Эстонии между 1940 и 1991.
С 1860 года начала проявлять активность татарская община, центр которой находится в городе Нарва. Мусульманская община (Нарва Мухамеди Когудус) была зарегистрирована в рамках независимой Эстонской Республики в 1928 году, а вторая (Tallinna Muhamedi Usuühing) в Таллинне в 1939 году. Дом построен на средства полученная в качестве пожертвований была преобразована в мечеть в Нарве. В 1940 году советские власти запретили приходы обоих приходов, а здания приходов были разрушены во время Второй мировой войны (в 1944 году).
В Эстонии нет мечетей; в Таллинне квартира приспособлена для молитвенных целей. Мусульманское сообщество в Эстонии является политически умеренным и, что необычно в глобальном контексте, сунниты и шииты поклоняются совместно
Исламский золотой век монеты найдены в Эстонии.