Войти
 | |
|---|---|
| Контент | |
| Описание | линейные мотивы эукариот. |
| Контакты | |
| Авторы | Хольгер Динкель. Тоби Гибсон |
| Основная ссылка | Динкель и др. (2012) |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | elm.eu.org |
The Eukaryotic Linear Motif (ELM) - это ресурс по вычислительной биологии (разработанный в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL)) для исследования коротких линейных мотивов (SLiM) в эукариотические белки. В настоящее время это самая большая коллекция классов линейных мотивов с аннотированными и экспериментально подтвержденными экземплярами линейных мотивов.
Линейные мотивы задаются как шаблоны с использованием правил регулярных выражений. Эти выражения используются в конвейере предсказания ELM, который обнаруживает предполагаемые экземпляры мотива в белковых последовательностях. Чтобы улучшить предсказательную способность, разрабатываются контекстные правила и логические фильтры, которые применяются для уменьшения количества ложных срабатываний совпадений.
По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотировали более 1300 экспериментально определенных экземпляров в белках. Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по компартменту ячеек, филогенезу, конфликту глобулярных доменов (с использованием баз данных SMART / Pfam ) и структуре. Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные экземпляры ELM, так и любые сохраняющиеся по положению совпадения в последовательностях, подобных последовательностям экземпляров ELM.
