Dockerin

Домен Dockerin
Структура домена Dockerin типа I из целлюлозомы C. thermocellum.
Идентификаторы
Символ	Dockerin_1
Pfam	PF00404
InterPro	IPR018242
PROSITE	PDOC00416
SCOPe	1daq / SUPFAM
CDD	cd14253
Доступные структуры белка: структуры Pfam / ECOD PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum краткое описание структуры

Докерин представляет собой белковый домен, обнаруженный в клеточной структуре целлюлосомы анаэробных бактерий. Он обнаружен на многих ферментах эндоглюканазы. Партнером по связыванию докерина является домен когезина, расположенный на белке скаффолдин . Это взаимодействие между доменами докерина фермента, составляющими целлюлосому, и доменами когезина белка скаффолдина является важным для построения целлюлосомного комплекса. Домен Dockerin имеет два тандемных повтора кальциевого мотива, не связанного с EF hand. Каждый мотив характеризуется значком. Трехмерная структура докерина была определена в растворе, а также в комплексе с когезином.

Существует три типа доменов докерина: I, II и III, которые связываются с когезином типа I, когезином типа II. и когезин типа III соответственно. Домен докерина типа I имеет длину 65-70 остатков. Связывающая специфичность взаимодействия типа I была хорошо изучена с помощью структурных исследований и мутагенеза. Взаимодействие типа II менее хорошо охарактеризовано.

См. Также

• EF hand
• целлюлосома

Ссылки

Внешние ссылки

Структура белка:

• Lytle Б.Л., Фолькман Б.Ф., Вестлер В.М., Хекман М.П., ​​Ву Дж. Х. (2001). «Структура раствора домена докерина типа I, нового прокариотического внеклеточного кальцийсвязывающего домена». J Mol Biol. 307 (3): 745–753. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.4522. PMID 11273698.
• Байер Э.А., Шимон Л.Дж., Шохам И., Ламед Р. (1998). «Целлюлосомы-структура и ультраструктура». J. Struct Biol. 124 (2–3): 221–234. doi : 10.1006 / jsbi.1998.4065. PMID 10049808.

Характеристика специфичности:

• Haimovitz R, Barak Y, Morag E, Voronov-Goldman M, Shoham Y, Lamed R, Bayer EA (2008). «Cohesin-dockerin microarray: различные особенности между двумя дополнительными семействами взаимодействующих белковых модулей». Протеомика. 8 (5): 968–979. doi : 10.1002 / pmic.200700486. PMID 18219699.
• Адамс Дж. Дж., Уэбб Б. А., Спенсер Х. Л., Смит С. П. (2005). «Структурная характеристика модуля докерина типа II из целлюлосомы Clostridium thermocellum: кальций-индуцированные эффекты на конформацию и распознавание цели». Биохимия. 44 (6): 2173–2182. doi : 10.1021 / bi048039u. PMID 15697243.
• Джиндо С., Сода А., Карита С., Кадзино Т., Бегин П., Ву Дж. Х., Инагаки М., Кимура Т., Сакка К., Омия К. (2004). «Взаимодействия когезин-докерин внутри и между Clostridium josui и Clostridium thermocellum: селективность связывания между родственными доменами докерина и когезина и видовая специфичность». J Biol Chem. 279 (11): 9867–9874. doi : 10.1074 / jbc.M308673200. PMID 14688277.