Дендрограмма

Древовидная диаграмма, показывающая расположение различных элементов Дендрограмма иерархической кластеризации (UPGMA) с высотой узлов (адаптирована из данных последовательности бактериальной 5S рРНК). Выходные данные дендрограммы для иерархической кластеризации морских провинций с использованием присутствия / отсутствия видов губок. Дендрограмма Древо Жизни. Это филогенетическое дерево адаптировано из Woese et al. рРНК анализ. Вертикальная линия внизу представляет последнего универсального общего предка (LUCA). Тепловая карта данных RNA-Seq, показывающая две дендрограммы на левом и верхнем полях.

A дендрограмма - это диаграмма, представляющая дерево. Это схематическое представление часто используется в разных контекстах:

• в иерархической кластеризации, оно иллюстрирует расположение кластеров, полученных в результате соответствующих анализов.
• в вычислительной биологии, он показывает кластеризацию генов или образцов, иногда на полях тепловых карт.
• в филогенетике, он отображает эволюционные взаимосвязи между различные биологические таксоны. В этом случае дендрограмма также называется филогенетическим деревом.

Название дендрограмма происходит от двух древнегреческих слов δένδρον (déndron), что означает «дерево», и γράμμα (grámma), что означает «рисунок, математическая фигура».

• 1 Пример кластеризации
• 2 См. также
• 3 Ссылки
  • 3.1 Цитаты
  • 3.2 Источники
• 4 Внешние ссылки

Для примера кластеризации предположим, что пять таксонов ($a\; \{\backslash \; displaystyle\; a\}$до $e\; \{\; \backslash \; displaystyle\; e\}$) были сгруппированы с помощью UPGMA на основе матрицы генетических дистанций. Дендрограмма иерархической кластеризации будет показывать столбец из пяти узлов, представляющих исходные данные (здесь отдельные таксоны), а остальные узлы представляют кластеры, к которым принадлежат данные, со стрелками, представляющими расстояние (несходство). Расстояние между объединенными кластерами является монотонным, увеличиваясь с увеличением уровня слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового несходства между двумя его дочерними группами (узлы справа, представляющие отдельные наблюдения, все нанесены на ноль. высота).

• Кладограмма
• Матрицы расстояний в филогении
• Иерархическая кластеризация
• MEGA, бесплатное ПО для рисования дендрограмм
• yEd, бесплатное программное обеспечение для рисования и автоматического упорядочивания дендрограмм

Цитаты

Источники

• Дендрограмма радужки - Пример использования дендрограммы для визуализируйте 3 кластера из иерархической кластеризации, используя метод «полной», по сравнению с реальной категорией видов (используя R ).