Молекулярно-эволюционный генетический анализ

редактировать
Молекулярно-эволюционный генетический анализ
Белые заглавные буквы без засечек, обозначающие MEGA, каждая в отдельном квадрате, окрашены в красный цвет и три в черный цвет соответственно. Версия 7 (2016 г.)
Оригинальный автор (ы) Масатоши Ней, Судхир Кумар, Коитиро Тамура, Глен Стечер, Дэниел Петерсон, Николас Петерсон
Разработчики) Государственный университет Пенсильвании
Первый выпуск 1993 ; 28 лет назад  ( 1993 )
Стабильный выпуск 10.2.5 / 30 марта 2021 г. ; 20 дней назад  ( 2021-03-30 )
Предварительный выпуск 11.0.4 / 3 марта 2021 г. ; 47 дней назад  ( 2021-03-03 )
Операционная система Windows, OS X, Linux
Платформа x86, x86-64
Доступно в английский
Тип Биоинформатика
Лицензия Проприетарное бесплатное ПО
Веб-сайт www.megasoftware.net

Molecular Evolutionary Genetics Analysis ( MEGA ) - это компьютерное программное обеспечение для проведения статистического анализа молекулярной эволюции и построения филогенетических деревьев. Она включает в себя множество сложных методов и инструментов для phylogenomics и phylomedicine. Он лицензирован как бесплатное проприетарное программное обеспечение. Проект по разработке этого программного обеспечения был инициирован руководством Масатоши Неи в его лаборатории в Университете штата Пенсильвания в сотрудничестве с его аспирантом Судхиром Кумаром и докторантом Коитиро Тамура. Неи написал монографию (стр. 130), в которой обрисовал объем программного обеспечения и представил новые статистические методы, которые были включены в MEGA. Весь набор компьютерных программ был написан Кумаром и Тамурой. Тогда на персональных компьютерах не было возможности отправить монографию и программное обеспечение в электронном виде, поэтому они были доставлены по почте. С самого начала MEGA была задумана как простая в использовании и включающая только надежные статистические методы.

Версия 2 MEGA (MEGA2), соавтором которой является дополнительный исследователь Ингрид Якобсон, была выпущена в 2001 году. Все компьютерные программы и файлы readme этой версии можно было отправлять в электронном виде благодаря достижениям в компьютерных технологиях. Примерно в это же время руководство проектом MEGA взяли на себя Кумар (ныне в Университете Темпл ) и Тамура (в настоящее время в Токийском столичном университете ). Монография « Анализ молекулярной эволюционной генетики» часто использовалась в качестве учебника для новых способов изучения молекулярной эволюции.

MEGA несколько раз обновлялась и расширялась, и в настоящее время все эти версии доступны на сайте MEGA. Последний выпуск, MEGA7, оптимизирован для использования в 64-битных вычислительных системах. MEGA существует в двух вариантах. Графический пользовательский интерфейс доступен как родная программа Microsoft Windows. Версия командной строки, MEGA-Computing Core (MEGA-CC), доступна для нативной кроссплатформенной работы. Метод широко используется и цитируется. Благодаря миллионам загрузок релизов MEGA цитируется в более чем 85 000 статей. Пятая версия цитировалась более 25 000 раз за 4 года.

СОДЕРЖАНИЕ
  • 1 История выпусков
  • 2 Особенности
    • 2.1 Построение выравнивания последовательностей
    • 2.2 Обработка данных
    • 2.3 Раздел таблицы генетического кода
    • 2.4 Экспертный движок субтитров в реальном времени
    • 2.5 Встроенный редактор текстовых файлов
    • 2.6 Программа просмотра данных последовательности
    • 2.7 Оценка паттернов нуклеотидных замен на основе MCL
    • 2.8 Проверка однородности образца замещения
    • 2.9 Методы оценки расстояния
    • 2.10 Тесты отбора
    • 2.11 Тест молекулярных часов
    • 2.12 Методы создания деревьев
    • 2.13 Исследователи деревьев
  • 3 Внешние ссылки
  • 4 ссылки
История выпуска
Основные версии MEGA
Версия Дата выпуска
1.0 1993 г.
1.1 1994 г.
2.0 2000 г.
2.1 2001 г.
3.0 2004 г.
4.0 2006 г.
4.1 2008 г.
5.0 2011 г.
5.1 Октябрь 2012 г.
5.2 апрель 2013
6.0 Декабрь 2013
7.0 Январь 2016
10.0 (Х) Май 2018 г.
Функции

Построение выравнивания последовательностей

Обработка данных

  • Обработка неоднозначных состояний: R, Y, T и т. Д.
  • Расширенный формат MEGA для сохранения всех атрибутов данных
  • Импорт данных из других форматов: Clustal, Nexus и др.
  • Исследователи данных
  • Визуальная спецификация доменов-групп

Раздел таблицы генетического кода

  • Добавлять и редактировать пользовательские таблицы
  • Вычислить статистические атрибуты кодовой таблицы
  • Включите все известные кодовые таблицы

Экспертный движок субтитров в реальном времени

  • Создание подписей для матриц расстояний, филогении, тестов, сопоставлений
  • Копировать подписи во внешние программы

Встроенный редактор текстовых файлов

  • Выделение-редактирование блока столбцов
  • Номера строк
  • Утилиты для форматирования последовательностей, обратного дополнения и т. Д.

Средство просмотра данных последовательности

  • Экспорт данных
  • Выделение
  • Статистическая оценка количеств

Оценка паттернов нуклеотидных замен на основе MCL

  • Матрица ставок 4x4
  • Коэффициенты переходно-трансверсии: k1, k2
  • Смещение скорости перехода-трансверсии: R

Тест на однородность образца замещения

  • Расстояние композиции
  • Индекс неравенства
  • Тест Монте-Карло

Методы оценки расстояния

  • Нуклеотид за нуклеотидом
  • Синонимично-несинонимичные: кодон -по-кодону
  • Белковая дистанция
  • Расчеты расстояний
  • Расчеты разнесения последовательностей
  • Расчет отклонений

Тесты отбора

  • Z-тест большой выборки
  • Точный тест Фишера
  • Тест нейтралитета Таджимы

Молекулярные часы тест

  • Тест относительной скорости Таджимы

Способы изготовления деревьев

Исследователи деревьев

  • Филогенетический дисплей
  • Оценка времени расхождения
  • Редактирование дерева
  • Изменить размер дерева
  • Отображение нескольких деревьев
Внешние ссылки
Рекомендации
Последняя правка сделана 2024-01-08 07:43:58
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте