Альфапедия

Сравнение реализаций силового поля

редактировать

Это таблица известных компьютерных программ, реализующих молекулярную механику силовые поля.

Программа OPLS AMBER CHARMM GAFF MMFF QVBMMUFF Комментарии
Abalone UA94, 96, 99SB, 03, GS, ii, Автоматический генератор FFНетНетНетНетUFF- Дрейдинг -подобное полеДля белков, ДНК, лигандов
AMBER ДаДаС помощью камерного инструмента, начиная с v11ДаНетНетНет
Ascalaph Designer UA94, 99SB, 03НетНетНетНетНет
Авогадро НетНетНетДа94, 94sНетДа
Балло на НетНетНетНет94НетНетMMFF94-подобный
BOSS ДаНетНетНетНетНетНет
CHARMM Да *Да *Да *Через CHARMM-GUIПолный MMFF94, но код, по слухам, не поддерживаетсяНетНет* в стандартном распространении
НетДаНетДаДаНетНет
Гауссовский мм универсальныйНетДаНетНетНетНетДаДоступно поле Dreiding
GROMACS ДаДа *Да *ДаНетНетНет* в стандартном распределении, начиная с v4.5.0
MOE AA89, 94, 99, а также с расширенной теорией Хюккеля22, 27Нет94 (s)НетНет
NAMD ДаДаДаДаНетНетНет
Q ДаДаДаНетНетНетНетДля биополимеров
Tinker UA, AA, AA / L94, 96, 98, 9919, 27НетНетНетНетДля белков, органических молекул
Towhee UA, AA8619, 22, 27Нет94НетДаМонте-Карло
Ясара Нет94, 96, 99, 03НетНетНетНетНетПлюс настраиваемые поля для уточнения кадров
См. Также
Ссылки
Последняя правка сделана 2021-05-15 08:03:37
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте