Квалифицированные команды были посеяны в финальные этапы в соответствии с их результатами на втором этапе: победители групп были посеяны 1–8, а занявшие второе место группы - 9–16.
Каждая ничья игралась на основе домашних и выездных двухматчевых, при этом команда с более высоким посевом принимала ответные матчи (статья 3.4 Регламента). Однако КОНМЕБОЛ требовал, чтобы второй этап финала проводился в Южной Америке, то есть, если был финалист из Мексики, он должен был принять первый матч независимо от посева (статья 3.7b Регламента).
В 1/8 финала, четвертьфинале и полуфинале, если по совокупности очков будет одинаковое количество голов, будет использоваться правило выездных голов. Если по-прежнему ничья, дополнительное время не разыгрывается, а серия пенальти используется для определения победителя (статья 5.2 Регламента).
финалы, при равном счете по совокупности мячей, правило забитых голов на выезде не будет использоваться, и будут сыграны 30 минут дополнительного времени. Если после дополнительного времени все равно будет ничья, серия пенальти будет использована для определения победителя (статья 5.3 Регламента).
Если бы было два полуфинала из одной ассоциации, они бы имели играть друг с другом (статья 3.6 Регламента).
сетка
сетка финальных этапов определялась посевом следующим образом:
раунд 16:
матч A: посев 1 vs. Seed 16
Match B: Seed 2 vs. Seed 15
Match C: Seed 3 vs. Seed 14
Match D: Seed 4 vs. Seed 13
Соответствие E: Seed 5 vs. Seed 12
Match F: Seed 6 vs. Seed 11
Match G: Seed 7 vs. Seed 10
Соответствие H: Посев 8 против Победителя 9
Четвертьфиналы:
Матч S1: Победитель A против Победителя H
Матч S2: Победитель B против Победителя G
Матч S3: Победитель C против победителя F
Матч S4: Победитель D против победителя E
Полуфиналы: (если бы было два полуфинала из одной ассоциации, им пришлось бы играть друг с другом)
Индепендьенте дель Валле выиграл 5–3 по сумме двух сумм и вышел в финал.
Финал
Финал проводился по принципу «дома и на выезде» двуногий, ответный матч проводила команда с более высоким посевом. в совокупности, правило забитых голов на выезде не будет использоваться, и будут сыграны 30 минут дополнительного времени. Если после дополнительного времени все равно будет ничья, серия пенальти будет использоваться для определения победителя.
Первый матч был сыгран 20 июля, а второй - сыграно 27 июля 2016 года.