Казани, Татарстан, где он проживал, согласно заявлению Следственного комитета России. Однако есть еще одно сообщение, что его убили, сидя на крыльце. Вскоре после этого главный муфтий Ильдус Фаизов был ранен в ногу в результате взрыва взрывного устройства в его автомобиле. Через день после убийства Якупова российская полиция задержала пять человек, подозреваемых в причастности к убийству Якупова.