Войти
 | |
|---|---|
| Контент | |
| Описание | кураторская база данных филогенетических деревьев семейств генов животных. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Wellcome Trust Sanger Institute |
| Авторы | |
| Основное цитирование | Ruan J al. (2006) |
| Access | |
| Веб-сайт | http://www.treefam.org |
TreeFam (база данных семейств деревьев) - это база данных филогенетических деревьев животных гены. Он направлен на разработку тщательно подобранного ресурса, который дает надежную информацию о назначениях ортологов и паралогов, а также эволюционной истории различных семейств генов.
TreeFam определяет семейство генов как группу генов, которые возникли после видообразования животных-одиночек многоклеточных. Он также пытается включить гены внешней группы, такие как дрожжи (S.cerevisiae и S. pombe) и растение (A. thaliana), чтобы выявить этих отдаленных членов.
TreeFam также является базой данных ортологов . В отличие от других, основанных на парном выравнивании, TreeFam выводит ортологи с помощью генных деревьев. Он помещает дерево генов в универсальное дерево видов и находит исторические дубликаты, видоизменения и события утрат. TreeFam использует эту информацию для оценки построения дерева, руководства curation и вывода сложных ortholog и paralog отношений.
Основными элементами TreeFam являются семейства генов, которые можно разделить на две части: семейства TreeFam-A и TreeFam-B. Семейства TreeFam-B создаются автоматически. Они могут содержать ошибки с учетом сложной филогении. Семейства TreeFam-A отбираются вручную из семейств TreeFam-B. Имена семейств и имена узлов назначаются одновременно. Конечная цель TreeFam - предоставить кураторский ресурс для всех семей.
TreeFam запускается как проект в Wellcome Trust Sanger Institute, а его программное обеспечение размещено на Sourceforge как «TreeSoft».
