Войти
| Автор (ы) | Джимми Энг, Эшли МакКормак и Джон Йейтс |
|---|---|
| Операционная система | Windows, Linux |
| Тип | Идентификация белка |
| Лицензия | проприетарная (алгоритм регулируется патентами США 6,017,693 и 5,538,897, а также европейским патентом) |
| Веб-сайт | Thermo, Yates 'Lab, UWPR |
SEQUEST представляет собой программу анализа данных тандемной масс-спектрометрии, используемую для идентификации белков. Sequest идентифицирует совокупность тандемных масс-спектров пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных последовательностей белков.
Этот инструмент наиболее полезен в контексте протеомики. Начиная со сложной смеси белков, в этой стратегии обычно используется трипсин для переваривания белков. Эти пептиды разделяют с помощью жидкостной хроматографии по пути к тандемному масс-спектрометру. Затем масс-спектрометр выделяет ионы определенного пептида, подвергает их диссоциации, вызванной столкновением, и записывает полученные фрагменты в тандемном масс-спектре. Этот процесс, повторяющийся в течение нескольких часов, даст тысячи тандемных масс-спектров. Выявление такого сбора данных требует автоматизации, и Sequest была первой программой, которая удовлетворила эту потребность.
Sequest идентифицирует каждый тандемный масс-спектр индивидуально. Программное обеспечение оценивает последовательности белков из базы данных, чтобы вычислить список пептидов, которые могут быть получены в результате каждого из них. Неповрежденная масса пептида известна из масс-спектра, и Sequest использует эту информацию для определения набора последовательностей пептидов-кандидатов, которые можно осмысленно сравнивать со спектром, включая только те, которые близки к массе наблюдаемого пептидного иона. Для каждого пептида-кандидата Sequest проектирует теоретический тандемный масс-спектр, а Sequest сравнивает эти теоретические спектры с наблюдаемым тандемным масс-спектром с использованием взаимной корреляции. Последовательность-кандидат с наиболее подходящим теоретическим тандемным масс-спектром считается лучшей идентификацией для этого спектра.
