ProBiS

ProBiS

Разработчик (и)	Insilab (Национальный институт химии Словении)
Первый выпуск	2010; 10 лет назад (2010)
Написано на	C ++, Java Script, PHP
Операционная система	Unix-подобная, Windows
Тип	Веб-сервер, плагин, алгоритм, база данных
Веб-сайт	probis.cmm.ki.si

ProBiS представляет собой компьютерное программное обеспечение, которое позволяет предсказывать сайты связывания и соответствующие им лиганды для данной структуры белка. Первоначально ProBiS был разработан как алгоритм ProBiS Янезом Концем и Душанкой Янежич в 2010 году и теперь доступен как сервер ProBiS, сервер ProBiS CHARMMing, алгоритм ProBiS и плагин ProBiS. Название ProBiS происходит от цели самого программного обеспечения, а именно для прогнозирования данной структуры Pro теина Bi нахождения S итов и их соответствующих лигандов.

• 1 Описание
• 2 Инструменты создания сайтов для белков
• 3 История
• 4 Ссылки
• 5 Внешние ссылки

Программное обеспечение ProBiS запускалось как алгоритм ProBiS, который обнаруживает структурно похожие сайты на поверхности белков путем локального выравнивания структуры поверхности с использованием алгоритма быстрого максимального клика. За алгоритмом ProBiS последовал сервер ProBiS, который обеспечивает доступ к программе ProBiS, которая обнаруживает сайты связывания белков на основе локальных структурных выравниваний. Доступны два сервера ProBiS: сервер ProBiS и сервер ProBiS CHARMMing. Последний соединяет серверы ProBiS и CHARMMing в один функциональный блок, который позволяет прогнозировать комплексы белок-лиганд и позволяет оптимизировать их геометрию и рассчитывать энергию взаимодействия. Сервер ProBiS CHARMMing с этими дополнительными функциями может использоваться только в Национальных институтах здравоохранения, США. В противном случае он действует как обычный сервер ProBiS. Кроме того, были созданы плагин ProBiS PyMOL и плагин ProBiS UCSF Chimera. Оба плагина подключены через Интернет к недавно подготовленной базе данных предварительно рассчитанных сравнений сайтов связывания, чтобы обеспечить быстрое предсказание сайтов связывания в существующих белках из банка данных протеинов. Они позволяют просматривать предсказанные сайты связывания и позы лигандов в трехмерной графике.

Пример выходных данных программного обеспечения ProBiS для обнаружения структурно схожих сайтов связывания. Пример выходных данных программного обеспечения ProBiS для попарного выравнивания двух белков.

Определение структурно сходных сайты связывания

Этот инструмент принимает в качестве входных данных белок запроса или сайт связывания. Алгоритм ProBiS структурно сравнивает запрос независимо от последовательности или свертки с базой данных неизбыточных белковых структур. Результатом этого инструмента является белок 3D-запроса, окрашенный в зависимости от степени структурной консервативности от синего (несохраняемый) до красного (структурно консервативный) в программе просмотра Jmol и таблица похожих белков.

Парное локальное структурное выравнивание

Этот инструмент принимает в качестве входных данных два белка или сайта связывания. Алгоритм ProBiS сравнивает структуры на основе геометрии, а также физико-химических свойств и возвращает их локальное структурное выравнивание.

Веб-сервер ProBiS Веб-службы RESTful

Веб-сервер ProBiS поддерживает сеть RESTful (передача репрезентативного состояния) сервисы для облегчения доступа к подобию сайтов связывания и локальному попарному выравниванию для любой структуры белка PDB из любого сценария.

Доступ к базе данных ProBiS

Доступ к базе данных ProBiS можно получить непосредственно из ProBiS (CHARMMing) сервер, виджет ProBiS-Database, который может быть включен на любую веб-страницу для обеспечения доступа к ProBiS-Database, или веб-службы RESTful, которые делают ProBiS-Database легко доступной из любого скрипта.

• Алгоритм ProBiS для обнаружение структурно схожих сайтов связывания белков с помощью локального структурного выравнивания (март 2010 г.)
• ProBiS: веб-сервер для обнаружения структурно схожих сайтов связывания белков (февраль 2010 г.)
• База данных ProBiS: предварительно рассчитанные Bindi ng Сходства сайтов и локальное попарное выравнивание структур Pdb (декабрь 2011 г.)
• ProBiS - 2012: веб-сервер и веб-службы для обнаружения структурно схожих сайтов связывания в белках (февраль 2012 г.)
• Параллельно- ProBiS: быстрый параллельный алгоритм для локального структурного сравнения структур белков и сайтов связывания (март 2012 г.)
• ProBiS-лиганды: веб-сервер для прогнозирования лигандов путем исследования сайтов связывания белков (февраль 2014 г.)
• ProBiS-Charmming: веб-интерфейс для прогнозирования и оптимизации лигандов на сайтах связывания белка (август 2015 г.)

• Сервер ProBiS