Перуджа была давним папой резиденция 13 века. Здесь были избраны пять пап: Папа Гонорий III (1216–1227), Папа Климент IV (1265–1268), Папа Гонорий IV (1285–1287), Папа Селестин V (1294 г.) и Папа Климент V (1305–1314 гг.). Эти выборы проходили в Палаццо делле Канониче, примыкающем к Кафедральному собору Перуджи.
В соборе находились гробницы Папы Иннокентия III (1198–1216), Папы Урбан IV (1261–1264) и Папа Мартин IV (1281–1285). Они были уничтожены Жераром дю Пюи, кардиналом-племянником Папы Григория XI (1370–1378).
Во время правления дю Пюи. будучи папским губернатором во время Войны восьми святых, он разграбил строительную площадку Дуомо в поисках материалов для своей частной крепости. По словам Хейвуда, из-за строительства дю Пюи «казалось, что Папская курия вот-вот должна быть переведена в Перуджу, что иностранные купцы начали переговоры об аренде магазинов и складов в городе. " Могила Папы Бенедикта XI (1303–1304) сохранилась в С. Доменико.
По крайней мере пять пап провели значительные периоды проживания в Перудже.
Папа Григорий IX (1227-1241) жил в Перудже с июня 1228 по февраль 1230 и с 1234 по декабрь 1236 года.
Папа Иннокентий IV (1243-1254) жил в Перудже с ноября 1251 - 1253.
Папа Урбан IV (1261-1264) жил в Перудже в 1264 году до своей смерти.
Папа Бенедикт XI (1303-1304) жил в Перудже до своей смерти в июле 1304 года.
Папа Бонифаций IX (1389-1404) жил в Перудже с сентября 1392 по июль 1393 года
Папа Захария убедил короля лангобардов Ратчиса отказаться от осады города в 749 году. Город также был включен в «Дар Пепина », и таким образом добавлен к Папской области.
Папа Иннокентий III (1198–1216) был в Перудже в сентябре 1198 года, чтобы освятить Сан-Лоренцо; к октябрю он уехал в Тоди. Иннокентий III умер в Перудже в 1216 году, где собрались кардиналы, чтобы избрать Гонория III.
Согласно Хейвуду,
Согласно Хейвуду, Перуджа" фактически приняла на себя власть положение папского викария в Умбрии ". Эти двое, по-видимому, поссорились ко времени Мартина IV, который отлучил весь город Перуджу за неподчинение его приказу не мстить епископству Фолиньо, и он и его кардиналы были сожжены на чучеле в Перудже.
После смерти Фридриха II Папа Иннокентий IV (1243–1254) вернулся в Италию и достиг Перуджи в ноябре 1251 года. не возобновил свое путешествие в Рим до 1253 г., когда он был вызван сенатором Бранкалеоне. Согласно Хейвуду,
Папа Урбан IV (1261–1264) жил в Перудже в 1264 году, когда он бежал со своей курией, которая планировала устроить ему засаду в Орвието. Урбан Ив оставался в Перудже до самой смерти.
Папа Бенедикт XI (1303–1304) нашел убежище в Перудже после своего избрания, где он умер в июле 1304 года, вызвав одиннадцатимесячные выборы в «Палаццо дель Папа». Папа Климент V (1305–1314) был избран, который перенес папство в Авиньон, в результате чего Авиньонское папство.
Папа Бонифаций IX (1389–1404) жил в Перудже с сентября 1392 г. по 1393 г. во время Западного раскола. Его легат, Пилео, архиепископ Равенны, охранял цитадель и город в его отсутствие. Находясь в городе, Бонифаций IX отозвал гвельфских изгнанников и одержал над ними военную победу. Один из этих ссыльных был убит на улице в июле 1393 года и, будучи дворянином, помешал Подесте вынести приговор; в отместку разъяренная толпа убила Пандольфо и большую часть его семьи. Когда в городе вспыхнуло насилие, папа и его помощники бежали в Ассизи.
Часть Каноники (приходской дом ), которая ранее была "захвачена" "гражданскими магистратами, был занят папами и позже стал известен как Палаццо дель Папа; Позже он использовался как резиденция папского губернатора (Палаццо дель Говернаторе). Каноника была соединена с Епископским дворцом массивными арками, которые сейчас образуют Виа делле Вольте. Большой зал вмещал 600 человек. Дворец, в то время резиденция папского губернатора, сгорел дотла в 1534 году. Папа Пий IV (1559-1565) передал участок и останки кардиналу Фульвио делла Корна.
Пьяцца делла Палья была переименована в Пьяцца дель Папа в 1816 году, когда на нее был перенесен статут Папы Юлия III (1550–1555).
В 1375 году, Перуджа была одним из первых городов, присоединившихся к Флоренции в восстании против Григория XI в Войне восьми святых. Папа Бонифаций IX (1389–1404) отвоевал город в 1403 году. В 1416 г. папа Мартин V (1417–1431) признал Браччо да Монтоне лордом Перуджи. Папа Юлий II (1503–1513) победил Джан Паоло Баглионе в городе в 1506 году, и Папа Лев X (1513–1521) приказал обезглавить его в 1520 году. После этого Перуджа снова стала непосредственной зависимостью от Святого Престола. Город восстал против налога на соль Папы Павла III (1534–1549) в 1540 году. Пьерлуиджи Фарнезе подавил восстание Павла III, который построил в городе крепость. Папа Юлий III (1550–1555) после этого восстановил многие привилегии города. Когда в 1848 году перуджи снова восстали, они разрушили башню Павла III. Папские войска снова захватили город в 1859 году.
Папа Лев XIII (1878–1903), бывший епископ Перуджи, сделал его архиепископом после своего избрания.