Войти
Целевая структура (ленты) и 354 прогноза на основе шаблонов наложены друг на друга (серый Позвоночник Calpha); из CASP8 Критическая оценка прогнозирования структуры белка или CASP - это всемирный эксперимент по прогнозированию структуры белка в масштабе всего сообщества, который проводится каждые два года с 1994 года. CASP предоставляет исследовательским группам возможность объективно протестировать свои методы прогнозирования структуры и предоставляет независимую оценку состояния дел в области моделирования структуры белков исследовательскому сообществу и пользователям программного обеспечения. Несмотря на то, что основная цель CASP - способствовать развитию методов идентификации трехмерной структуры белка по его аминокислотной последовательности, многие рассматривают эксперимент скорее как «чемпионат мира» в этой области науки. Более 100 исследовательских групп со всего мира участвуют в CASP на регулярной основе, и нередко целые группы приостанавливают другие исследования на месяцы, пока они сосредоточиваются на подготовке своих серверов к эксперименту и выполнении подробных прогнозов.
Чтобы гарантировать, что ни один предсказатель не может иметь предварительную информацию о структуре белка, которая может дать ему / ей преимущество, важно, чтобы эксперимент проводился двойным слепым способом: ни один из предсказателей ни организаторам, ни специалистам по оценке не известны структуры белков-мишеней в то время, когда делаются прогнозы. Цели для предсказания структуры - это либо структуры, которые вскоре будут решены с помощью рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, либо структуры, которые только что решены (в основном одним из центров структурной геномики ) и хранятся в банке данных белков. Если обнаруживается, что данная последовательность связана общим происхождением с белковой последовательностью известной структуры (называемой шаблоном), сравнительное моделирование белков может использоваться для прогнозирования третичной структуры. Шаблоны можно найти с помощью методов выравнивания последовательностей (например, BLAST или HHsearch ) или методов потоковой передачи белков, которые лучше подходят для поиска отдаленно связанных шаблоны. В противном случае необходимо применять прогноз структуры белка de novo (например, Rosetta), который гораздо менее надежен, но иногда может давать модели с правильной кратностью (обычно для белков с менее чем 100-150 аминокислотами). Действительно новые складки становятся довольно редкими среди целей, что делает эту категорию меньше, чем хотелось бы.
Первичный метод оценки - это сравнение положений предсказанной модели α-углерода с позициями в целевой структуре. Сравнение показано визуально с помощью кумулятивных графиков расстояний между парами эквивалентов α-углерод в совмещении модели и структуры, например, как показано на рисунке (идеальная модель всегда оставалась бы на нуле. поперек), и ему присваивается числовая оценка GDT-TS (Global Distance Test - Total Score), описывающая процент хорошо смоделированных остатков в модели по отношению к цели. Бесплатное моделирование (без шаблонов или de novo) также оценивается экспертами визуально, поскольку числовые оценки не подходят для поиска общих сходств в самых сложных случаях. Прогнозы на основе шаблонов с высокой точностью оценивались в CASP7 по тому, работают ли они для фазирования молекулярного замещения целевой кристаллической структуры с успехом, последующим позже, и по полной модели (не только α-углерод ). качество и полное соответствие модели цели в CASP8.
Оценка результатов выполняется в следующих категориях прогнозов:
Третичная структура Категория предсказания схватывания была далее подразделена на
Начиная с CASP7, категории были переопределены, чтобы отразить развитие методов. Категория «Моделирование на основе шаблонов» включает все предыдущие модели сравнительного моделирования, модели на основе гомологичных складок и некоторые модели на основе аналогичных складок. Категория «моделирование без шаблонов» (FM) включает модели белков с ранее невиданными складками и модели на основе жестких аналогичных складок. Из-за ограниченного количества целей без шаблонов (а они встречаются довольно редко) в 2011 году был введен так называемый CASP ROLL. Этот непрерывный (непрерывный) эксперимент CASP направлен на более тщательную оценку методов предсказания без шаблонов посредством оценки большего числа целей за пределами обычного сезона предсказаний CASP. В отличие от LiveBench и EVA, этот эксперимент проводится в духе слепого предсказания CASP, то есть все прогнозы делаются на еще неизвестных структурах.
Результаты CASP являются опубликованы в специальных выпусках приложений к научному журналу Proteins, которые доступны на веб-сайте CASP. Ведущая статья в каждом из этих приложений описывает специфику эксперимента, а заключительная статья оценивает прогресс в этой области.
В декабре 2018 года CASP13 попал в заголовки газет, когда его выиграли AlphaFold, программа искусственного интеллекта, созданная DeepMind.
Автоматические оценки для CASP13 (2018)
Автоматические оценки для CASP12 (2016)
Автоматические оценки для CASP11 (2014)
Автоматическая оценка для CASP10 (2012)
Автоматическая оценка для CASP9 (2010)
Автоматическая оценка для CASP8 (2008)
Автоматические оценки для CASP7 (2006)
