Войти
| Расширение имени файла | .xyz |
|---|---|
| Тип интернет-носителя | химический / x-xyz |
| Тип формата | химический формат файла |
Формат файла XYZ - это формат файла химического вещества. Формального стандарта не существует и существует несколько вариантов, но типичный формат XYZ определяет геометрию молекулы, давая число атомов с декартовыми координатами, которые будут считываться в первой строке, комментарий ко второй и строки атомарных координат в следующих строках. Формат файла используется в программах вычислительной химии для импорта и экспорта геометрии. Единицы обычно находятся в ангстрёмах. Некоторые варианты включают использование атомных чисел вместо атомарных символов или пропуск строки комментария. Файлы, использующие формат XYZ, обычно имеют расширение.xyz.
Форматирование файла в формате.xyz следует:
строка комментария ...
в формате файла XYZ подразумевается, а не явно. Согласно главной странице XYZ (часть XMol),
Обратите внимание, что формат XYZ не содержит информации о подключении. Это преднамеренное упущение обеспечивает большую гибкость: для создания файла XYZ вам не нужно знать, где находятся связи молекулы; вам просто нужно знать, где находятся его атомы. Информация о подключении создается автоматически для файлов XYZ по мере их считывания в приложениях, связанных с XMol. Вкратце, если расстояние между двумя атомами меньше суммы их ковалентных радиусов, они считаются связанными.
Молекула пиридина может быть описана в формате XYZ следующим образом: следующее:
11 С -0,180226841 0,360945118 -1,120304970 С -0,180226841 1,559292118 -0,407860970 С -0,180226841 1,503191118 0,986935030 N -0,180226841 0,360945118 1,29018350 С -0,180226841 -0,781300882 0,986935030 С -0,180226841 -0,837401882 -0,407860970 Н -0,180226841 0,360945118 - 2.206546970 H -0.180226841 2.517950118 -0.917077970 H -0.180226841 2.421289118 1.572099030 H -0.180226841 -1.699398882 1.572099030 H -0.180226841 -1.796059882 -0.917077970m <271265>Молекула анимации Most, как <271265>и VMD может показывать анимацию с использованием файлов.xyz. Ниже приведен пример формата xyz для m последовательных снимков, которые можно визуализировать как анимацию:строка комментария atom_symbol 11 координата x 11 координата y 11 координата z 11 символ_атома 12 координата x 12 координата y 12 координата z 12... символ_атома 1n координата x 1n координата y 1n координата z 1n строка комментария atom_symbol 21 координата x 21 координата y 21 координата z 21 символ_атома 22 координата x 22 координата y 22 координата z 22... символ_атома 2n координата x 2n координата y 2n координата z 2n... строка комментария символ_атома m1 координата x m1 координата y m1 координата z m1 символ_атома m2 координата x m2 координата y m2 координата z m2.... символ_атома mn координата x mn y-Coord mn z-Coord mn Обратите внимание, что стандарт xyz не требует, чтобы количество или химическая природа атомов были одинаковыми на последующих снимках, что позволяет атомам исчезать из или входящие в поле зрения во время анимации.
См. Также
