Войти
Архив изображений рака (TCIA ) - это база данных с открытым доступом медицинских изображений для онкологических исследований. Сайт финансируется программой Национального института рака (NCI) по визуализации рака, а контракт управляется Университетом медицинских наук Арканзаса. Данные в архиве организованы в коллекции, которые обычно имеют общий тип рака и / или анатомическую локализацию. Большая часть данных состоит из изображений CT, МРТ и ядерной медицины (например, ПЭТ ), хранящихся в формате DICOM, но многие другие типы подтверждающих данных также предоставлены или связаны с целью повышения полезности исследования. Все данные обезличены в соответствии с Законом о переносимости и подотчетности медицинского страхования и политикой обмена данными Национального института здравоохранения.
Ресурсы TCIA предназначены для поддержки:
TCIA признан рекомендуемым хранилищем для Nature Scientific Data, PLOS One и F1000Research. Он также указан в Реестре хранилищ данных исследований.
До создания TCIA NCI финансировала разработку Национального архива биомедицинских изображений. NBIA - это веб-приложение с открытым исходным кодом , которое было разработано для хранения и запроса изображений DICOM. Впоследствии в декабре 2010 г. был инициирован TCIA для расширения деятельности по обмену данными путем финансирования компонента услуг, который поможет решить технические и политические проблемы, связанные с исследованиями в области медицинской визуализации. TCIA использует инструменты с открытым исходным кодом, такие как NBIA и Clinical Trials Processor, для предоставления своих услуг.
Контент сайта разделен на пять категорий:
К большинству коллекций в Архиве визуализации рака можно получить доступ без учетной записи, но некоторые из них ограничены конкретным пользователем s и поэтому для доступа к ним требуется учетная запись. TCIA имеет несколько способов просмотра, фильтрации и загрузки данных. К ним относятся:
Домашняя страница включает в себя список всех доступных коллекций. Также предоставляется основная информация о таких данных, как тип рака, местонахождение рака, способы и количество субъектов. При нажатии на название коллекции открывается страница с описанием данных, включая их первоначальную цель исследования, то, как данные были созданы и как они могут быть полезны для других пользователей TCIA. Например, doi : 10.7937 / K9 / TCIA.2015.L4FRET6Z описывает коллекцию NSCLC-Radiomics-Genomics. В нижней части страницы есть ссылки для поиска или загрузки изображений и любых доступных вспомогательных данных на вкладке «Доступ к данным». Дополнительные вкладки предоставляют информацию о версиях данных и о том, как цитировать данные, если они используются в публикациях.
Многие коллекции содержат дополнительные типы данных, такие как геномика, демографические данные пациентов, сведения о лечении и экспертный анализ изображений. Эти данные обычно можно найти только при просмотре страниц коллекции, а не при поиске в NBIA или с использованием API.
На каждой странице Коллекции, а также в главном меню сайта есть ссылки на «Поиск по TCIA». Это загрузит приложение NBIA, которое позволяет выполнять простой, расширенный и бесплатный поиск текста. Результаты поиска соответствуют стандартной иерархии DICOM: пациент ->исследование ->серия. TCIA предоставляет исчерпывающую документацию по различным функциям программного обеспечения NBIA.
Через API также доступен ряд команд поиска и загрузки. Новые итерации API выпускаются как новые версии, так что существующие приложения, разработанные для более старых версий API, продолжают работать.
Список известных публикаций на основе данных TCIA приведен поддерживается для удобства исследователей, которые могут захотеть исследовать, как он использовался ранее. В дополнение к рецензируемым публикациям существует также несколько крупных исследовательских инициатив, описанных в разделе «Исследовательская деятельность» на сайте.
Большое количество коллекций содержит предметы, которые были проанализированы как часть базы данных NIH / NHGRI, известной как Атлас генома рака (TCGA). Это дает исследователям возможность сопоставлять клинические изображения с использованием общих уникальных идентификаторов для каждого исследования, имеющего в TCGA обширный геномный анализ, цифровые слайды патологии и массовую загрузку индивидуальных демографических данных и клинических данных. Мультиинституциональная сеть исследователей, добровольно проводящих свое время, использует данные для разработки методов определения прогноза или предсказания реакции на терапию. Коллекции TCGA обозначаются номенклатурой, совместно используемой порталом данных TCGA (например: TCGA-BRCA, TCGA-GBM и т. Д.). На них распространяется особая политика публикации, которая отличается от других общедоступных данных на TCIA.
TCIA также предоставляет специальные наборы данных, используемые для соревнований Challenge, таких как международные цифровые изображения специализированные профессиональные общества, такие как MICCAI, SPIE или ISBI. На сайте поддерживается каталог предыдущих и предстоящих проблем.
Чтобы облегчить обмен данными, многие публикации призывают авторов включать ссылки на данные, которые авторы использовали при создании результаты описаны в их научных статьях. Кроме того, теперь доступны новые журналы для непосредственного описания коллекций данных (например, Nature Scientific Data). TCIA присваивает идентификаторы цифровых объектов (DOI) всем коллекциям при их отправке, а также имеет возможность создавать постоянные идентификаторы, связанные с подмножествами данных, хранящихся в TCIA, которые авторы могут использовать для цитирования данных в своих научных статьях.
