RegulonDB

RegulonDB

Содержимое
Описание	Регуляция транскрипции Escherichia coli K-12
Организмы	Escherichia coli K-12
Связаться с
Исследовательским центром	Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México
Авторы	Gama-Castro et al.
Первичное цитирование	Гама-Кастро и др. (2015)
Дата выпуска	2017
Доступ
Веб-сайт	http://regulondb.ccg.unam.mx/
Разное
Версия	9.4

RegulonDB представляет собой базу данных регуляторной сети экспрессии генов в Escherichia coli K-12. RegulonDB также моделирует организацию генов в единицах транскрипции, оперонах и регулонах. Также включены в общей сложности 120 мРНК с 231 общими взаимодействиями, которые все вместе регулируют 192 гена. RegulonDB была основана в 1998 году и также вносит данные в базу данных EcoCyc.

• 1 Факторы транскрипции и единицы сенсорного ответа
• 2 Определения
  • 2.1 Единица транскрипции (TU)
  • 2.2 Промоторы и терминаторы
  • 2.3 Сайт связывания
  • 2.4 Графическое отображение в RegulonDB
• 3 Ссылки
• 4 Внешние ссылки

У бактерий, таких как E.coli, гены регулируются элементы последовательности в промоторах и связанных сайтах связывания). RegulonDB предоставляет базу данных таких регуляторных элементов, их сайтов связывания и факторов транскрипции, которые связываются с этими сайтами в E. coli. RegulonDB 9.0 включает 184 экспериментально определенных фактора транскрипции (TF), а также 120 рассчитанных с помощью вычислений TF, то есть всего 304.

Полный репертуар из 189 генетических сенсорных- Сообщаются единицы ответа (единицы GENSOR), объединяющие их сигнал, регуляторные взаимодействия и метаболические пути. Четыре компонента выделены для 78 блоков GENSOR; 119 включают генетический переключатель и ответ, а 2 содержат только генетический переключатель.

Всего 103 TF имеют известный эффектор в RegulonDB, включая 25 двухкомпонентных систем. Было достаточно сайтов, чтобы построить мотив для 93 TF, чтобы вывести 16 207 предсказанных сайтов связывания TF. Этот набор предсказанных сайтов связывания соответствует 12 574 TF → регуляторным взаимодействиям генов; это представляет собой восстановление 52% из 1592 аннотированных регуляторных взаимодействий в базе данных для 93 TF, для которых RegulonDB имеет матрицу весовых коэффициентов (PWM). Если принимать во внимание только TF с качественной PWM, общее количество предсказанных взаимодействий TF → ген составляет 8 714, восстанавливая 672 (57%) аннотированных взаимодействий для этого подмножества TF. Полуавтоматическое курирование произвело в общей сложности 3195 регуляторных взаимодействий для 199 TF.

Все определения см. В глоссарии..

Единица транскрипции (ЕЕ)

A Единица транскрипции - это набор одного или нескольких генов, транскрибируемых с одного промотора. TU может также включать сайты связывания регуляторных белков, влияющие на этот промотор и терминатор. Таким образом, комплексный оперон с несколькими промоторами содержит несколько единиц транскрипции. Единица транскрипции должна включать все гены оперона.

Промоторы и терминаторы

A промотор определяется в RegulonDB как нуклеотидная последовательность, расположенная на 60 оснований выше и 20 оснований ниже точного начала транскрипции или +1. Терминаторы - это области, где заканчивается транскрипция, и РНК-полимераза отсоединяется от ДНК.

Сайт связывания

Сайты связывания TF представляют собой физические сайты ДНК, распознаваемые транскрипцией. факторы в геноме, включая энхансер, активатор (UAS) и сайты операторов, которые могут связывать репрессоры или активаторы.

Графическое отображение в RegulonDB

Графическое изображение оперона содержит все гены его различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU. Оперон здесь понимается как структурная единица, охватывающая все гены и регуляторные элементы. Оперон с несколькими промоторами, расположенными рядом друг с другом, также может иметь двойные сайты связывания, что указывает на то, что такой сайт может активировать один конкретный промотор, но репрессировать второй. На той же странице под опероном отображается набор различных TU. Графическое изображение оперона содержит все гены его различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU. Графическое изображение TU всегда будет содержать только один промотор, если он известен, с сайтами связывания, которые регулируют его активность, за которым следуют транскрибируемые гены. Обратите внимание, что двойные сайты часто отображаются в TU как репрессоры или активаторы. Это связано с тем, что сайт будет иметь особое влияние на промоутера этой ЕП.

1. ^ Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L, Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Mirando-Ríos J, Huerta AM, Миранда-Риос J, Уэрта -Vargas A, Collado-Torres L, Taboada B, Vega-Alvarado L, Olvera M, Olvera L, Grande R, Morett E, Collado-Vides J (январь 2011 г.). «RegulonDB версии 7.0: регуляция транскрипции Escherichia coli K-12, интегрированная в единицы генетического сенсорного ответа (Gensor Units)». Nucleic Acids Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D98-105. doi : 10.1093 / nar / gkq1110. PMC 3013702. PMID 21051347.
2. ^Гама-Кастро, Сокорро; Сальгадо, Хеладия; Сантос-Завалета, Альберто; Ледезма-Техейда, Даниэла; Муньис-Раскадо, Луис; Гарсия-Сотело, Хаир Сантьяго; Алькисира-Эрнандес, Кевин; Мартинес-Флорес, Ирма; Панье, Люсия (4 января 2016 г.). «RegulonDB версии 9.0: высокий уровень интеграции регуляции генов, коэкспрессии, кластеризации мотивов и не только». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D133–143. doi : 10.1093 / nar / gkv1156. ISSN 1362-4962. PMC 4702833. PMID 26527724.

• http://regulondb.ccg.unam.mx/