Транскрипция (биология)

редактировать
Процесс копирования сегмента ДНК в РНК Упрощенная схема синтеза и обработки мРНК. Ферменты не показаны.

Транскрипция - это первый из нескольких этапов ДНК экспрессии гена , на которой определенный сегмент ДНК копируется в РНК (особенно мРНК ) ферментом РНК-полимеразой.

И ДНК, и РНК являются нуклеиновыми кислотами, которые используют пары оснований из нуклеотидов как комплементарный язык. Во время транскрипции последовательность ДНК считывается РНК-полимеразой, которая производит комплементарную, антипараллельную цепь РНК, называемую первичным транскриптом.

Транскрипция происходит в следующих общих этапах:

  1. РНК-полимераза вместе с одним или несколькими общими факторами транскрипции связывается с промоторной ДНК..
  2. РНК-полимераза образует пузырек транскрипции, который разделяет две цепи спирали ДНК. Это осуществляется путем разрыва водородных связей между комплементарными нуклеотидами ДНК.
  3. РНК-полимераза добавляет РНК нуклеотиды (которые комплементарны нуклеотидам одной цепи ДНК).
  4. Сахарно-фосфатный остов РНК формируется с помощью РНК-полимеразы с образованием цепи РНК.
  5. Водородные связи спирали РНК-ДНК разрываются, освобождая вновь синтезированную цепь РНК.
  6. Если клетка имеет ядро ​​, РНК может быть подвергнута дальнейшей обработке. Это может включать полиаденилирование, кэппинг и сплайсинг.
  7. . РНК может оставаться в ядре или выходить в цитоплазму через комплекс ядерной поры.

Участок ДНК, транскрибируемый в молекулу РНК, называется единицей транскрипции и кодирует по крайней мере один ген. Если ген кодирует белок, транскрипция дает информационную РНК (мРНК); мРНК, в свою очередь, служит матрицей для синтеза белка посредством трансляции. В качестве альтернативы транскрибируемый ген может кодировать некодирующую РНК, такую ​​как микроРНК, рибосомная РНК (рРНК), транспортная РНК (тРНК) или ферментативных молекул РНК, называемых рибозимами. В целом РНК помогает синтезировать, регулировать и обрабатывать белки; поэтому он играет фундаментальную роль в выполнении функций в клетке.

. В вирусологии этот термин также может использоваться при обозначении синтеза мРНК из молекулы РНК (т.е. репликации РНК). Например, геном вируса с отрицательной смысловой одноцепочечной РНК (оцРНК -) может быть матрицей для положительно-смысловой одноцепочечной РНК (оцРНК +). Это связано с тем, что положительно-смысловая цепь содержит информацию, необходимую для последующей трансляции вирусных белков для репликации вируса. Этот процесс катализируется вирусной РНК-репликазой.

Содержание

  • 1 Предпосылки
  • 2 Основные стадии
    • 2.1 Инициирование
    • 2.2 Ускользание промотора
    • 2.3 Удлинение
    • 2.4 Окончание
  • 3 Ингибиторы
  • 4 Эндогенные ингибиторы
  • 5 Фабрики транскрипции
  • 6 История
  • 7 Измерение и обнаружение
  • 8 Обратная транскрипция
  • 9 См. Также
  • 10 Ссылки
  • 11 Внешние ссылки

Предпосылки

Единица транскрипции ДНК, кодирующая белок, может содержать как кодирующую последовательность, которая будет транслироваться в белок, так и регуляторные последовательности, которые направляют и регулируют синтез этого белка. Регуляторная последовательность перед («выше ») кодирующей последовательностью называется пятипраймовой нетранслируемой областью (5'UTR); последовательность после («ниже » от) кодирующей последовательности называется трехпраймовой нетранслируемой областью (3'UTR).

В отличие от ДНК репликации, транскрипция приводит к РНК-комплементу, который включает нуклеотид урацил (U) во всех случаях, когда тимин (T) мог бы встречаться в ДНК-комплементе.

Только одна из двух цепей ДНК служит шаблоном для транскрипции. антисмысловая цепь ДНК считывается РНК-полимеразой от 3 'конца до 5' конца во время транскрипции (3 '→ 5'). Комплементарная РНК создается в противоположном направлении, в направлении 5 '→ 3', что соответствует последовательности смысловой цепи, за исключением замены урацила на тимин. Эта направленность обусловлена ​​тем, что РНК-полимераза может добавлять нуклеотиды только к 3'-концу растущей цепи мРНК. Такое использование только 3 '→ 5' цепи ДНК устраняет необходимость в фрагментах Окадзаки, которые наблюдаются при репликации ДНК. Это также устраняет необходимость в праймере РНК для инициации синтеза РНК, как в случае репликации ДНК.

Нематричная (смысловая) цепь ДНК называется кодирующей цепью, потому что ее последовательность такая же, как и вновь созданный транскрипт РНК (за исключением замены тимина на урацил). Это нить, которая используется по соглашению при представлении последовательности ДНК.

Транскрипция имеет некоторые механизмы проверки, но они меньше и менее эффективны, чем контроли для копирования ДНК. В результате транскрипция имеет более низкую точность копирования, чем репликация ДНК.

Основные этапы

Транскрипция делится на инициацию, ускользание от промотора, удлинение и завершение.

Инициирование

Транскрипция начинается со связывания РНК-полимеразы вместе с одним или несколькими общими факторами транскрипции с конкретной последовательностью ДНК, называемой «промотором », с образованием РНК-полимераза-промотор «закрытый комплекс». В «замкнутом комплексе» промоторная ДНК все еще является полностью двухцепочечной.

РНК-полимераза с помощью одного или нескольких общих факторов транскрипции затем раскручивает приблизительно 14 пар оснований ДНК с образованием РНК-полимеразы-промотора » открытый комплекс ». В «открытом комплексе» промоторная ДНК является частично размотанной и одноцепочечной. Открытая одноцепочечная ДНК называется «пузырем транскрипции».

РНК-полимераза с помощью одного или нескольких общих факторов транскрипции затем выбирает сайт начала транскрипции в транскрипции пузырь, связывается с инициирующим NTP и удлиняющим NTP (или коротким праймером РНК и удлиняющим NTP), комплементарными последовательности сайта начала транскрипции, и катализирует образование связи с образованием исходного продукта РНК.

В бактериях РНК-полимераза холофермент состоит из пяти субъединиц: 2 субъединицы α, 1 субъединица β, 1 субъединица β ', и 1 субъединица ω. У бактерий существует один общий фактор транскрипции РНК, известный как сигма-фактор. Фермент ядра РНК-полимеразы связывается с бактериальным фактором общей транскрипции (сигма) с образованием холофермента РНК-полимеразы, а затем связывается с промотором. (РНК-полимераза называется холоферментом, если сигма-субъединица присоединена к ферменту ядра, который состоит из 2 субъединиц α, 1 субъединицы β, только 1 субъединицы β ').

В архей и эукариот РНК-полимераза содержит субъединицы , гомологичные каждой из пяти субъединиц РНК-полимеразы в бактериях, а также содержит дополнительные субъединицы. У архей и эукариот функции общего бактериального фактора транскрипции сигма выполняются множеством общих факторов транскрипции, которые работают вместе. У архей существует три основных фактора транскрипции: TBP, TFB и TFE. У эукариот в РНК-полимеразе II -зависимой транскрипции существует шесть общих факторов транскрипции: TFIIA, TFIIB (ортолог архей TFB), TFIID (фактор мультисубъединицы, в котором ключевая субъединица, TBP, является ортологом архейного TBP), TFIIE ( ортолог архейного TFE), TFIIF и TFIIH. TFIID является первым компонентом, связывающимся с ДНК из-за связывания TBP, тогда как TFIIH является последним компонентом, который будет задействован. У архей и эукариот закрытый комплекс РНК-полимераза-промотор обычно называют «преинициационным комплексом."

Инициация транскрипции регулируется дополнительными белками, известными как активаторы и репрессоры, и, в некоторых случаях, связанные коактиваторы или корепрессоры, которые модулируют образование и функцию комплекса инициации транскрипции.

Ускользание промотора

После синтезируется первая связь, РНК-полимераза должна ускользнуть от промотора. В течение этого времени наблюдается тенденция к высвобождению РНК-транскрипта и образованию усеченных транскриптов. Это называется абортивная инициация и характерна как для эукариот, так и для прокариот.. Неудачная инициация продолжается до тех пор, пока не будет синтезирован продукт РНК с пороговой длиной приблизительно 10 нуклеотидов, после чего происходит ускользание промотора и образование комплекса элонгации транскрипции.

Механически ускользание промотора происходит через ДНК скру nching, обеспечивая энергию, необходимую для разрыва взаимодействий между холоферментом РНК-полимеразы и промотором.

Исторически считалось, что у бактерий сигма-фактор определенно высвобождается после того, как происходит клиренс промотора.. Эта теория была известна как модель обязательного выпуска. Однако более поздние данные показали, что после и после удаления промотора сигма-фактор высвобождается согласно стохастической модели, известной как стохастическая модель высвобождения.

У эукариот на РНК-полимеразе II- зависимый промотор, после клиренса промотора, TFIIH фосфорилирует серин 5 на карбоксиконцевом домене РНК-полимеразы II, что приводит к привлечению кэпирующего фермента (CE). Точный механизм того, как CE вызывает клиренс промотора у эукариот, пока не известен.

Элонгация

Простая диаграмма элонгации транскрипции

Одна цепь ДНК, матричная цепь (или некодирующая цепь), используется в качестве матрицы для синтеза РНК. По мере того как транскрипция продолжается, РНК-полимераза пересекает цепочку матрицы и использует комплементарность спаривания оснований с шаблоном ДНК для создания копии РНК (которая удлиняется во время обхода). Хотя РНК-полимераза пересекает матричную цепь от 3 '→ 5', кодирующая (не матричная) цепь и вновь образованная РНК также могут использоваться в качестве контрольных точек, поэтому транскрипцию можно описать как происходящую 5 '→ 3'. Это дает молекулу РНК из 5 '→ 3', точную копию кодирующей цепи (за исключением того, что тимины заменены на урацилы, а нуклеотиды состоят из рибозы (5 -углерод) сахар, в котором ДНК содержит дезоксирибозу (на один атом кислорода меньше) в сахарофосфатной основе).

транскрипция мРНК может включать несколько РНК-полимераз на одной матрице ДНК и несколько раундов транскрипции (амплификация конкретной мРНК), так много молекул мРНК можно быстро получить из одной копии гена. Характерные скорости удлинения у прокариот и эукариот составляют около 10-100 нт / сек. Однако у эукариот нуклеосомы действуют как основные препятствия для транскрипции полимераз во время удлинения транскрипции. У этих организмов пауза, индуцированная нуклеосомами, может регулироваться факторами элонгации транскрипции, такими как TFIIS.

Элонгация также включает механизм проверки, который может заменить неправильно встроенные основания. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют соответствующим факторам редактирования РНК связываться. Эти паузы могут быть присущи РНК-полимеразе или обусловлены структурой хроматина.

Терминация

Бактерии используют две разные стратегии терминации транскрипции - Rho-независимую терминацию и Rho-зависимую терминацию. В Rho-независимой терминации транскрипции транскрипция РНК останавливается, когда вновь синтезированная молекула РНК образует G-C-богатую шпильку, за которой следует цикл Us. Когда образуется шпилька, механическое напряжение разрывает слабые связи rU-dA, заполняя гибрид ДНК-РНК. Это вытягивает транскрипт поли-U из активного сайта РНК-полимеразы, завершая транскрипцию. В «Rho-зависимом» типе терминации белковый фактор под названием «Rho » дестабилизирует взаимодействие между матрицей и мРНК, высвобождая, таким образом, вновь синтезированную мРНК из комплекса элонгации.

Терминация транскрипции у эукариот менее изучена, чем у бактерий, но включает расщепление нового транскрипта с последующим независимым от матрицы добавлением аденинов на его новом 3'-конце в процессе, называемом полиаденилированием.

Ингибиторами

Ингибиторы транскрипции можно использовать в качестве антибиотиков, например, против патогенных бактерий (антибактериальных средств ) и грибов (противогрибковые ). Примером такого антибактериального средства является рифампицин, который ингибирует бактериальную транскрипцию ДНК в мРНК путем ингибирования ДНК-зависимой РНК-полимеразы путем связывания ее бета-субъединицы, в то время как 8-гидроксихинолин является противогрибковым ингибитором транскрипции. Эффекты метилирования гистонов также могут подавлять действие транскрипции.

Эндогенные ингибиторы

У позвоночных большинство промоторов гена содержат островок CpG с многочисленными сайтами CpG. Когда многие из промоторных сайтов CpG гена метилированы, ген становится подавленным (заглушенным). Колоректальный рак обычно имеет от 3 до 6 мутаций водитель и от 33 до 66 мутаций путешественника или пассажира. Однако подавление транскрипции (молчание) может иметь большее значение, чем мутации, в развитии рака. Например, при колоректальном раке от 600 до 800 генов транскрипционно ингибируются метилированием CpG-островков (см. регуляция транскрипции при раке ). Репрессия транскрипции при раке также может происходить с помощью других эпигенетических механизмов, таких как измененная экспрессия микроРНК. При раке молочной железы репрессия транскрипции BRCA1 может происходить чаще за счет чрезмерной экспрессии микроРНК-182, чем за счет гиперметилирования промотора BRCA1 (см. Низкая экспрессия BRCA1 при раке груди и яичников ).

Фабрики транскрипции

Активные единицы транскрипции сгруппированы в ядре в дискретных сайтах, называемых фабриками транскрипции или эухроматином. Такие сайты можно визуализировать, позволив вовлеченным полимеразам расширить свои транскрипты в помеченных предшественниках (Br-UTP или Br-U) и пометив иммуно-меченую зарождающуюся РНК. Фабрики транскрипции также могут быть локализованы с помощью флуоресцентной гибридизации in situ или помечены антителами, направленными против полимераз. В нуклеоплазме клетки HeLa находится ~ 10 000 фабрик, среди которых ~ 8 000 фабрик полимеразы II и ~ 2 000 фабрик полимеразы III. Каждая фабрика полимеразы II содержит ~ 8 полимераз. Поскольку наиболее активные единицы транскрипции связаны только с одной полимеразой, каждая фабрика обычно содержит ~ 8 различных единиц транскрипции. Эти единицы могут быть связаны через промоторы и / или энхансеры, при этом петли образуют «облако» вокруг фактора.

История

Молекула, которая позволяет реализовать генетический материал в виде белка. первая гипотеза выдвинута Франсуа Жакобом и Жаком Моно. Северо Очоа получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине в 1959 году за разработку процесса синтеза РНК in vitro с полинуклеотидфосфорилазой, который был полезен для взлома генетического кода. Синтез РНК с помощью РНК-полимеразы был установлен in vitro несколькими лабораториями к 1965 г.; однако РНК, синтезированная этими ферментами, обладала свойствами, которые предполагали существование дополнительного фактора, необходимого для правильного завершения транскрипции.

В 1972 году Уолтер Файерс стал первым человеком, который действительно доказал существование обрывающего фермента.

Роджер Д. Корнберг выиграл Нобелевскую премию по химии в 2006 г. "за исследования молекулярных основ эукариотической транскрипции ".

Измерение и обнаружение

Электронная микрофотография транскрипции рибосомальной РНК. Образующиеся цепи рибосомной РНК видны как ответвления от основной цепи ДНК.

Транскрипцию можно измерить и обнаружить различными способами:

  • G-Less Cassette анализ транскрипции: измеряет силу промотора
  • анализ транскрипции после окончания транскрипции анализ: определяет сайты начала транскрипции (TSS)
  • анализ ядерной активности : измеряет относительное количество вновь образованных транскриптов
  • : измеряет одноцепочечную ДНК, генерируемую РНК-полимеразами; может работать с 1000 клеток.
  • Анализ защиты от РНКазы и ChIP-Chip of RNAP : обнаруживать активные сайты транскрипции
  • ОТ-ПЦР : измеряет абсолютное количество уровней общей или ядерной РНК, которое, однако, может отличаться от скорости транскрипции
  • ДНК-микрочипы : измеряет r относительное содержание глобальных уровней общей или ядерной РНК; однако они могут отличаться от скоростей транскрипции
  • Гибридизация in situ : обнаруживает присутствие транскрипта
  • MS2-тегирование : путем включения РНК стеблевых петель, таких как MS2, в ген, они включаются во вновь синтезированную РНК. Затем стволовые петли могут быть обнаружены с помощью слияния GFP и белка оболочки MS2, который имеет высокое сродство, специфичное для последовательности взаимодействие со стволовыми петлями MS2. Рекрутирование GFP в сайт транскрипции визуализируется как единое флуоресцентное пятно. Этот новый подход показал, что транскрипция происходит прерывистыми пакетами или импульсами (см. Транскрипционный пакет ). За заметным исключением методов in situ, большинство других методов позволяют получить средние значения клеточной популяции и не способны выявить это фундаментальное свойство генов.
  • Нозерн-блот : традиционный метод, до появления RNA-Seq, наиболее количественный
  • RNA-Seq : применяет методы секвенирования следующего поколения для секвенирования целых транскриптомов, что позволяет измерять относительное количество РНК, а также обнаружение дополнительных вариаций, таких как гены слияния, посттранскрипционное редактирование и новые сайты сплайсинга
  • Single cell RNA-Seq : амплифицирует и считывает частичные транскриптомы из изолированных клеток, что позволяет проводить подробный анализ РНК в тканях, эмбрионах, и раковые заболевания

Обратная транскрипция

Схема обратной транскрипции

Некоторые вирусы (например, ВИЧ, причина СПИДа ), обладают способностью транскрибировать РНК в ДНК. У ВИЧ есть геном РНК, который обратно транскрибируется в ДНК. Полученная ДНК может быть объединена с геномом ДНК клетки-хозяина. Главный фермент, ответственный за синтез ДНК из матрицы РНК, называется обратной транскриптазой.

. В случае ВИЧ обратная транскриптаза отвечает за синтез комплементарной цепи ДНК (кДНК) вирусной Геном РНК. Затем фермент рибонуклеаза H расщепляет цепь РНК, а обратная транскриптаза синтезирует комплементарную цепь ДНК с образованием двойной спиральной структуры ДНК («кДНК»). КДНК интегрируется в геном клетки-хозяина с помощью фермента интегразы, который заставляет клетку-хозяина генерировать вирусные белки, которые собираются в новые вирусные частицы. В случае ВИЧ после этого в клетке-хозяине происходит запрограммированная гибель клеток или апоптоз Т-клеток. Однако у других ретровирусов клетка-хозяин остается неповрежденной, когда вирус выходит из клетки.

Некоторые эукариотические клетки содержат фермент с активностью обратной транскрипции, называемый теломеразой. Теломераза - это обратная транскриптаза, удлиняющая концы линейных хромосом. Теломераза несет матрицу РНК, из которой она синтезирует повторяющуюся последовательность ДНК, или «мусорную» ДНК. Эта повторяющаяся последовательность ДНК называется теломер и может рассматриваться как «крышка» для хромосомы. Это важно, потому что каждый раз, когда удваивается линейная хромосома, она укорачивается. С помощью этой «мусорной» ДНК или «крышки» на концах хромосом сокращение устраняет некоторую несущественную повторяющуюся последовательность, а не последовательность ДНК, кодирующую белок, которая находится дальше от конца хромосомы.

Теломераза часто активируется в раковых клетках, чтобы раковые клетки могли бесконечно дублировать свои геномы без потери важной последовательности ДНК, кодирующей белок. Активация теломеразы может быть частью процесса, который позволяет раковым клеткам стать бессмертными. Фактор бессмертия рака за счет удлинения теломер за счет теломеразы, как было доказано, встречается в 90% всех канцерогенных опухолей in vivo, а в оставшихся 10% используется альтернативный способ поддержания теломер, называемый ALT или альтернативное удлинение теломер.

См. Также

Ссылки

Внешние ссылки

На Викискладе есть средства массовой информации, связанные с Транскрипцией (генетика).
Последняя правка сделана 2021-06-11 09:45:12
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте