Войти
База данных РНК-связывающих белков (RBPDB) - это биологическая база данных специфичности РНК-связывающих белков, включая экспериментальные наблюдения сайтов связывания РНК. Включенные экспериментальные результаты взяты как in vitro, так и in vivo из первичной литературы. Он включает четыре вида многоклеточных : Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. РНК-связывающие домены, включенные в эту базу данных, включают мотив распознавания РНК, гомологию К, цинковый палец CCCH и другие домены. На сегодняшний день в эту базу данных включены 1171 РНК-связывающий белок и эксперименты.
Процессы транскрипции и трансляции у прокариот и эукариот различаются. В отличие от прокариот, эти два процесса протекают отдельно в ядре и цитоплазме эукариот. По этой причине эукариоты применяют стратегию под названием посттранскрипционная модификация, которая включает сплайсинг, редактирование и полиаденилирование для обработки пре-мРНК. РНК-связывающие белки (RBP) играют решающую роль в этом процессе. Все RBP могут связываться с РНК в зависимости от их специфичности и аффинности. RBP содержат по крайней мере один РНК-связывающий домен и обычно имеют несколько связывающих доменов. РНК-связывающий домен (RBD, также известный как домен RNP и мотив распознавания РНК, RRM), домен K-гомологии (KH) (тип I и тип II), RGG (Arg-Gly-Gly) бокс, домен Sm; DEAD / DEAH-бокс, цинковый палец (ZnF, в основном C-x8-X-x5-X-x3-H), двухцепочечный РНК-связывающий домен (dsRBD), домен холодового шока; Домен Pumilio / FBF (PUF или Pum-HD) и домен Piwi / Argonaute / Zwille (PAZ) были хорошо охарактеризованы.
RBP конструируются множеством связывающих доменов. Эти домены содержат несколько основных модульных единиц. По сравнению с одним мотивом, RBP могут распознавать гораздо более длинный отрезок нуклеиновых кислот с этими множественными мотивами. Между тем, RBP связываются с РНК, образуя слабые взаимодействия. Эти мотивы в значительной степени увеличивают поверхность слабого взаимодействия. В результате RBP могут связывать РНК с более высокой специфичностью и аффинностью, чем однодоменные. База данных РНК-связывающих белков включает три основные специфические категории. Это мотив узнавания РНК (RRM), домен K-гомологии (домен KH) и цинковые пальцы.
В статье Лунде их группа представила различные типы РНК-связывающих белковых мотивов и их специфические функции.
RRM содержит около 80-90 аминокислот, которые образуют четырехцепочечный антипараллельный β-лист с двумя спиралями (топология βαββαβ). Β-лист играет важную роль в распознавании РНК. Обычно для этого процесса распознавания очень важны три консервативных остатка на β-листе. В частности, остаток Arg или Lys образует солевой мостик с фосфодиэфирным остовом, а еще два ароматических остатка осуществляют стэкинг-взаимодействия с азотистыми основаниями. Каждый из этих четырех β-листов распознает один нуклеотид. Однако с открытыми петлями и дополнительной вторичной структурой RRM может распознавать до 8 нуклеотидов.
домен KH был первым, идентифицированным у человека. Он происходит из гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) K. Следовательно, связывающие домены, принадлежащие к этому семейству, называются доменом K-Homology. Это домен, который связывается как с оцДНК, так и с оцРНК. Эукариоты, эубактерии и археи обычно имеют этот тип доменов. Домен содержит около 70 аминокислот. Важная последовательность сигнатур этого домена - (I / L / V) IGXXGXX (I / L / V). Все домены KH содержат трехцепочечный β-лист и три α-спирали. Есть два подсемейства этого домена. Домен KH типа I (топология βααββα) и домен KH типа II (топология αββααβ). Для обоих классов петля GXXG, фланкирующие спирали, β-цепь и вариабельная петля между β2 и β3 (тип I) или между α2 и β2 (тип II) играют очень важную роль в распознавании РНК.
Цинковые пальцы - это домены, содержащие координированные цинком остатки. Существует три основных типа этого домена: Cys2His2 (CCHH), CCCH или CCHC. Как правило, в белке совместно работают несколько повторов этого домена. Когда цинковый палец CCHH связывается с ДНК, остатки в его узнаваемой α-спирали образуют водородные связи с парами оснований Уотсона-Крика в большой бороздке. Когда он связывается с РНК, те же остатки, которые используются для распознавания ДНК, могут по-прежнему использоваться для распознавания РНК. Стратегия, используемая фигурой цинка для различения этих двух типов нуклеотидов, может содержать отчетливую структурную организацию этого домена. Цинковые пальцы CCCH и CCHC связываются с богатым AU элементом РНК. В отличие от цинкового рисунка CCHH, форма белка является основным фактором специфичности.
В статье Рэя и Казана рассматривается вопрос о предпочтении последовательности ОДП. В их исследованиях один единственный RBP инкубируется с огромным молярным избытком сложного пула РНК. Белок извлекается с помощью селекции по аффинности, а связанные РНК исследуются с помощью микрочипов и компьютерных анализов. Их результаты показывают, что РНК-связывающие белки имеют предпочтительную последовательность, и идентичные или близкородственные RBP будут связываться со специфической сходной последовательностью РНК.
В настоящее время база данных РНК-связывающих белков (RBPDB)) содержит 1171 РНК-связывающий белок из Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. Интересующие вас белки можно искать по домену или виду. Оба способа приведут вас к списку подробной информации о белках, который включает символ гена, идентификатор аннотации, синонимы, описание гена, виды, РНК-связывающий домен, количество экспериментов и гомологов. Щелкните количество экспериментов, чтобы перейти к исследовательским статьям, связанным с этим белком. Кроме того, в этой базе данных вы можете искать эксперименты, относящиеся к определенной последовательности связывания РНК. Кроме того, этот сайт может помочь вам предсказать сайты связывания для вашей последовательности.
