Войти
RAPD (произносится как «быстрый») означает 'R andom Усиление P олиморфа ic DNA '. Это тип ПЦР, но амплифицируемые сегменты ДНК являются случайными. Ученый, выполняющий RAPD, создает несколько произвольных коротких праймеров (8–12 нуклеотидов), затем приступает к ПЦР с использованием большой матрицы геномной ДНК, надеясь, что фрагменты будут амплифицироваться. Разбирая результирующие шаблоны, можно получить полууникальный профиль из реакции RAPD.
Никаких сведений о последовательности ДНК целевого генома не требуется, поскольку праймеры будут связываться где-то в последовательности, но точно не известно, где именно. Это делает метод популярным для сравнения ДНК биологических систем, которые не привлекали внимание научного сообщества, или в системе, в которой сравнивается относительно небольшое количество последовательностей ДНК (он не подходит для формирования банка данных кДНК). Поскольку он основан на большой неповрежденной матричной последовательности ДНК, он имеет некоторые ограничения при использовании образцов деградированной ДНК. Его разрешающая способность намного ниже, чем у целевых, видоспецифичных методов сравнения ДНК, таких как короткие тандемные повторы. В последние годы RAPD использовался для характеристики и отслеживания филогении различных видов растений и животных.
Маркеры RAPD представляют собой декамерные (длиной 10 нуклеотидов) фрагменты ДНК из ПЦР-амплификации случайных сегментов геномной ДНК с одним праймером с произвольной нуклеотидной последовательностью и которые способны различать генетически различных индивидуумов, хотя и не обязательно воспроизводимым образом. Он используется для анализа генетического разнообразия человека с использованием случайных праймеров. Из-за проблем с воспроизводимостью экспериментов многие научные журналы больше не принимают эксперименты, основанные только на RAPD. RAPD требует только одного праймера для амплификации.
В отличие от традиционного анализа ПЦР, RAPD не требует каких-либо конкретных знаний о последовательности ДНК целевого организма: идентичные 10-мерные праймеры будут или не будут амплифицировать сегмент ДНК в зависимости от положений, комплементарных последовательности праймеров. Например, фрагмент не образуется, если праймеры отожжены слишком далеко друг от друга или 3'-концы праймеров не обращены друг к другу. Следовательно, если в матричной ДНК произошла мутация на участке, который ранее был комплементарен праймеру, продукт ПЦР не будет продуцироваться, что приведет к другому рисунку амплифицированных сегментов ДНК на геле.
