Пресвитерианская церковь в Гондурасе была основана в 1960 году Национальной евангелической пресвитерианской церковью Гватемалы. Пресвитерианские поселенцы приезжают в Гондурас и просят пресвитерианскую церковь в Гондурасе прислать миссионеров. Первая церковь была сформирована в г. В пределах 150 км от Тегусигальпа находятся десятки собраний. Церковь признает Вестминстерское исповедание веры, Гейдельбергский катехизис, Апостольский символ веры и Никейский символ веры. Конгрегации небольшие по размеру и очень бедные.