Войти
H3K79me2 представляет собой эпигенетическую модификацию упаковывающего белка ДНК гистона H3. Это метка, указывающая на ди- метилирование 79-го лизинового остатка белка гистона H3. H3K79me2 обнаруживается в транскрибируемых областях активных генов.
H3K79me2 указывает на диметилирование лизина 79 на субъединице белка гистона H3:
| Abbr. | Значение |
| H3 | Семейство гистонов H3 |
| K | стандартное сокращение для лизина |
| 79 | положение аминокислотного остатка (считая от N -конце) |
| me | метильная группа |
| 2 | количество добавленных метильных групп |
На этой диаграмме показано прогрессирующее метилирование остатка лизина. Диметилирование обозначает метилирование, присутствующее в H3K79me2.
Геномная ДНК эукариотических клеток обернута вокруг специальных белковых молекул, известных как гистоны. Комплексы, образованные петлей ДНК, известны как хроматин. Основной структурной единицей хроматина является нуклеосома : она состоит из основного октамера гистонов (H2A, H2B, H3 и H4), а также линкерного гистона и примерно 180 пар оснований ДНК. Эти гистоны ядра богаты остатками лизина и аргинина. Карбоксильный (С) конец этих гистонов способствует взаимодействию гистонов с гистонами, а также взаимодействиям гистонов с ДНК. Амино (N) концевые заряженные хвосты являются участком посттрансляционных модификаций, таких как та, которая видна в H3K36me3.
Посттрансляционная модификация хвостов гистонов любым гистоном модифицирующие комплексы или комплексы ремоделирования хроматина интерпретируются клеткой и приводят к сложному комбинаторному выходу транскрипции. Считается, что код гистонов диктует экспрессию генов за счет сложного взаимодействия между гистонами в определенной области. Текущее понимание и интерпретация гистонов основано на двух крупномасштабных проектах: ENCODE и «Эпигеномная дорожная карта». Целью эпигеномного исследования было изучение эпигенетических изменений по всему геному. Это привело к состояниям хроматина, которые определяют области генома путем группирования взаимодействий различных белков и / или модификаций гистонов вместе. Состояние хроматина исследовали в клетках дрозофилы, изучая место связывания белков в геноме. Использование ChIP-секвенирования выявило участки в геноме, характеризующиеся разной полосой. Различные стадии развития были профилированы и у Drosophila, акцент был сделан на релевантности модификации гистонов. Анализ полученных данных привел к определению состояний хроматина на основе модификаций гистонов.
Геном человека был аннотирован состояниями хроматина. Эти аннотированные состояния могут использоваться как новые способы аннотирования генома независимо от базовой последовательности генома. Эта независимость от последовательности ДНК обеспечивает эпигенетический характер модификаций гистонов. Состояние хроматина также полезно для идентификации регуляторных элементов, не имеющих определенной последовательности, таких как энхансеры. Этот дополнительный уровень аннотации позволяет глубже понять регуляцию клеточно-специфических генов.
Три формы метилирования H3K79 (H3K79me1; H3K79me2; H3K79me3) катализируются DOT1 у дрожжей или DOT1L у млекопитающих. Метилирование H3K79 участвует в ответе на повреждение ДНК и играет множество ролей в эксцизионной репарации нуклеотидов и рекомбинационной репарации сестринских хроматид.
Диметилирование H3K79 было обнаружено в транскрибируемых областях активных генов.
Гистоновую метку H3K36me3 можно обнаружить различными способами:
1. Последовательность иммунопреципитации хроматина (ChIP-секвенирование ) измеряет количество обогащенной ДНК, однажды связанной с целевым белком и подвергшейся иммунопреципитации. Это приводит к хорошей оптимизации и используется in vivo для выявления связывания ДНК с белком, происходящего в клетках. ChIP-Seq можно использовать для идентификации и количественного определения различных фрагментов ДНК для различных модификаций гистонов вдоль геномной области.
2. Секвенирование микрококковой нуклеазы (MNase-seq ) используется для исследования областей, которые связаны с хорошо расположенными нуклеосомами. Для определения положения нуклеосом используется фермент микрококковой нуклеазы. Видно, что хорошо расположенные нуклеосомы имеют обогащенные последовательности.
3. Анализ на секвенирование хроматина, доступного для транспозаз (ATAC-seq ), используется для поиска участков, свободных от нуклеосом (открытый хроматин). В нем используется гиперактивный транспозон Tn5, чтобы выделить локализацию нуклеосом.
