GeneCalling

В область геномики, GeneCalling - это открытая платформа мРНК техника транскрипционного профилирования. Протокол GeneCalling измеряет уровни кДНК, которые коррелируют с уровнями экспрессии генов конкретных транскриптов. В этой технологии исследуются и сравниваются различия между экспрессией генов в здоровых тканях и тканях, чувствительных к заболеваниям или лекарствам. Метод был применен для изучения тканей человека и растений.

В протоколе вызова генов мРНК сначала выделяются из заданного образца и обрабатываются во фрагменты для анализа. Обычно это включает синтез и подразделение двухцепочечных кДНК из полиА РНК. Затем можно использовать отдельные наборы рестрикционных ферментов для переваривания наборов разделенных кДНК и полученных фрагментов, лигированных с мечеными адаптерами, для амплификации с помощью ПЦР. Затем продукты ПЦР очищают и подвергают гель-электрофорезу на установленной платформе с использованием стационарного лазерного возбуждения и многоцветного устройства с зарядовой связью системы визуализации. Флуоресцентная метка на 5'-конце одного из праймеров для ПЦР позволяет визуализировать фрагменты ПЦР, а кДНК подвергают нескольким изолированным и идентичным рестрикционным перевариваниям для создания объединенного профиля на основе высоты пика и дисперсии. Затем объединенные профили переваривания из препаратов кДНК сравнивают для определения местоположения дифференциально экспрессируемых фрагментов (например, между нормальной тканью и больной или чувствительной к лекарству тканью); эти профили сравниваются с помощью различных готовых к Интернету баз данных, таких как GeneScape.

1. ^Kirst, M. E. (1 мая 2005 г.). «Идентификация и характеристика белков деградации, связанных с эндоплазматической сеткой, на которые по-разному влияет стресс эндоплазматической сети». Физиология растений. 138 (1): 218–231. doi : 10.1104 / pp.105.060087. PMC 1104177. PMID 15849299.
2. ^Green, Cynthia D.; Саймонс, Ян Фредрик; Тайон, Брюс Э.; Левин, Дэвид А. (апрель 2001 г.). «Открытые системы: панорамные виды экспрессии генов». Журнал иммунологических методов. 250 (1–2): 67–79. DOI : 10.1016 / S0022-1759 (01) 00306-4. PMID 11251222.
3. ^Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов. Nature Biotechnology 17, 798-803: 1999
4. ^Профилирование экспрессии генов флавоноидного пути кукурузы, контролируемых эстрадиол-индуцируемыми факторами транскрипции CRC и P. Клетка растений 12, 65- 79: 2000
5. ^Klein, S; де Фужероль, штат Арканзас; Blaikie, P; Хан, L; Пепе, А; Зеленый, компакт-диск; Котелянский, В; Джанкотти, Ф.Г. (август 2002 г.). «Интегрин альфа 5 бета 1 активирует NF-каппа B-зависимую программу экспрессии генов, важных для ангиогенеза и воспаления». Молекулярная и клеточная биология. 22 (16): 5912–22. doi : 10.1128 / mcb.22.16.5912-5922.2002. PMC 133962. PMID 12138201.
6. ^Shimkets, R.A.; и другие. (1999). «Анализ экспрессии генов с помощью профилирования транскриптов в сочетании с запросом к базе данных генов». Nat. Biotechnol. 17 (8): 798–803. doi : 10.1038 / 11743. PMID 10429247. S2CID 25463457.
7. ^Гротевольд, Эрих (2003). Функциональная геномика растений. Springer Science Business Media. п. 386. ISBN 9781592594139. Проверено 17 октября 2016 г.