Миссионеры Свободной церкви Шотландии основали эту церковь. В 1915 г. была основана компания. Медицинская работа была сосредоточена в Мойобамбе и Кахамарке. Первые церковные работы были начаты в 1921 году. Первая церковь была построена в Кахамарка в 1936 году, и в ней присутствовало 600 человек. Работа распространилась на Тарапото и Чачапояс. Но не хватало пасторов и старейшин. Первая Генеральная ассамблея состоялась в 1963 году с участием 5 пресвитерий, а именно: Amazonas, Cajamarca, Lima, Celendin и San Martin, а также церковь стала независимой. Название деноминации - Евангелическая пресвитерианская церковь Перу. В церкви было 3000 членов.
Американские миссионеры из Библейской пресвитерианской церкви основали еще одну церковь в 1936 году. Первое Генеральное собрание было проведено в 1970 году. Название деноминации было Национальной пресвитерианской церковью. Перу. В 1983 г. в церкви было 11 пресвитерий с 8 000 членов.
Эти церкви были объединены в 1995 г. и образовали Евангелическую пресвитерианскую и реформатскую церковь в Перу. В начале 2000-х годов EPRCP насчитывала 140 общин и 15 000 членов в Перу. Член Мирового реформатского братства.
Церковь поддерживает Евангелическую пресвитерианскую теологическую семинарию в Лиме.