Этническое насилие в Афганистане сыграно роль в войнах в Афганистане.
В Афганистане около десятка этнических групп, в их число входят: пуштуны, таджики, хазарейцы, узбеки и другие, составляющие менее 2% каждый. Самые последние данные об этнической принадлежности взяты из опроса, проведенного Asia Foundation в 2014 году. Согласно репрезентативному опросу, 40% людей идентифицировали себя как пуштуны, 36% как таджики, 10% как Хазарейцы, 8% как узбеки, 2% как туркмены, 1% как белуджи, 1% как нуристанцы, 1% как аймак, 1% как араб, 1% как Pashaye, 1% как Sadat, 0,5% как Qizilbash и 0,5% как Сафи.
После того, как Талибан пришел к власти в середине 1990-х годов, они начали зверства против своих противников, шиитов, хазарейцев, таджиков и узбеков. В 1998 году Организация Объединенных Наций обвинила Талибан в отказе в предоставлении продовольственной помощи Мировой продовольственной программе ООН 160 000 голодающих и голодающих людей (большинство из которых были хазарейцами и таджиками) «по политическим и военным причинам». В ООН заявили, что талибы морили людей голодом из-за своих военных целей и использовали гуманитарную помощь как оружие войны.
8 августа 1998 года талибы напали на Мазари-Шариф. Получив контроль, талибы начали убивать людей по признаку этнической принадлежности, особенно хазарейцев и узбеков. Силы Талибана охотились на мужчин, женщин и детей в ответ на казнь от 1500 до 3000 боевиков Талибана узбекскими ополченцами Джунбиш-и Милли. Эта этническая чистка унесла жизни от 5000 до 6000 человек.
В 2001 году Human Rights Watch выразила опасения, что этническое насилие в Афганистане, вероятно, возрастет из-за эскалации конфликта между различными фракциями. Тысячи пуштунов стали беженцами, когда они бежали из узбекских войск Джунбиш-и Милли, некоторые из которых, как сообщалось, грабили, насиловали и похищали людей, когда они разоружали пуштунов, обвиненных в том, что они были бывшими сторонниками талибов в северном Афганистане на ранних этапах войны в Афганистане (2001-настоящее время), которая отстранила доминирующее пуштунское движение Талибан от власти.
В 2010 году президент Афганистана Хамид Карзай создал комиссию для расследования продолжающегося этнического насилия, поскольку он считает, что это препятствует военным усилиям по сдерживанию мятежа талибов.