В филогенетике аутапоморфия является отличительной чертой, известной как производный признак, уникальный для данного таксона. То есть он обнаружен только в одном таксоне, но не найден ни в каких других или внешней группе таксонах, даже в тех, которые наиболее тесно связаны с центральным таксоном ( которые могут быть видами, семейством или вообще любой кладой). Следовательно, его можно рассматривать как апоморфию по отношению к одному таксону. Слово аутапоморфия, впервые введенное в 1950 г. немецким энтомологом Вилли Хеннигом, происходит от греческих слов αὐτός, aut- = «сам»; ἀπό, apo = "далеко от"; и μορφή, morphḗ = "shape".
Поскольку аутапоморфии присутствуют только в одном таксоне, они не несут информацию о родстве. Следовательно, аутапоморфии бесполезны для определения филогенетических отношений. Однако аутапоморфия, как и синапоморфия и плезиоморфия, является относительным понятием в зависимости от рассматриваемого таксона. Аутапоморфия на данном уровне вполне может быть синапоморфией на менее инклюзивном уровне. Пример аутапоморфии можно описать у современных змей. Змеи потеряли две пары ног, которые характерны для всех Tetrapoda, и у наиболее близких к Ophidia таксонов - а также их общих предков - у всех есть две пары ног. Таким образом, таксон Ophidia представляет собой аутапоморфию в отношении отсутствия ног.
Концепция аутапоморфных видов - один из многих методов, которые ученые могут использовать для определения и отличия видов друг от друга. Это определение присваивает виды на основе степени дивергенции, связанной с репродуктивной несовместимостью, которая измеряется в основном числом аутапоморфий. Этот метод группирования часто называют «концепцией монофилетических видов» или концепцией «филосвидов» и популяризировал D.E. Розен в 1979 году. В рамках этого определения вид рассматривается как «наименее инклюзивная монофилетическая группа, определяемая по крайней мере с помощью одной аутапоморфии». Хотя эта модель видообразования полезна тем, что позволяет избежать немонофилетических группировок, она также имеет свои критические замечания. Н.И. Платник, например, считает концепцию аутапоморфных видов неадекватной, потому что она допускает возможность репродуктивной изоляции и видообразования при отмене «видового» статуса материнской популяции. Другими словами, если периферийная популяция отделяется и становится репродуктивно изолированной, вероятно, потребуется развить по крайней мере одну аутапоморфию, чтобы ее можно было распознать как другой вид. Если это может произойти без того, чтобы более крупная материнская популяция также развивала новую аутапоморфию, то материнская популяция не могла оставаться видом в рамках концепции аутапоморфных видов: у нее больше не было бы никаких апоморфий, которые также не разделялись бы дочерними видами.
Филогенетические сходства: Эти филогенетические термины используются для описания различных паттернов наследственных и производных признаков или состояний признаков, как указано на приведенной выше диаграмме в связи с синапоморфиями.