Шиитский ислам в Узбекистане - это небольшая секта меньшинства, почти полностью состоящая из этнические иранцы. В стране зарегистрировано всего три шиитских мечети, две в Самарканде и одна в Бухаре ; в обоих этих городах проживают жители иранского происхождения.
Историк Джед Снайдер отмечает, что до российских вторжений в конце 1800-х годов стычки между шиитскими и суннитскими группировками в Самарканде были «не редкостью». Однако он отмечает, что шииты были в значительной степени ассимилированы суннитами в период после российской оккупации.
Хотя правительство разрешило этим зарегистрированным шиитским мечетям функционировать, некоторые узбекские шииты обеспокоены тем, что правительство препятствует регистрации новых шиитских мечетей, и что в официальном национальном религиозном органе нет шиитского представительства. Кроме того, с советских времен в стране не было шиитских медресе, и с момента обретения независимости не было зарегистрировано ни одного нового. Те, кто хочет стать шиитскими религиозными лидерами, могут получить шиитское образование, только поехав в Иран, но шиитская репутация, полученная в Иране, не признается узбекским правительством, что приводит к нехватке официально признанного шиитского руководства.
.