График последовательности

В сравнительной геномике, граф последовательностей, также называемый графом выравнивания, граф точек останова или граф смежности - это двунаправленный граф, в котором вершины представляют сегменты ДНК, а ребра представляют смежность между сегментами в геноме. Сегменты помечены цепочкой ДНК, которую они представляют, и каждый край соединяет хвостовой конец одного сегмента с головным концом другого сегмента. Каждое ребро смежности помечено (возможно, пустой) цепочкой ДНК. Прохождение связанного компонента сегментов и смежных ребер (называемого потоком) дает последовательность, которая обычно представляет геном или часть генома. Сегменты можно рассматривать как блоки synteny, где края определяют, как расположить эти блоки в конкретном геноме, а маркировка краев смежности представляет собой основания, которые не содержатся в блоках synteny.

• 1 Приложения
  • 1.1 Множественное выравнивание последовательностей
  • 1.2 Представление вариации
• 2 Ссылки

Множественное выравнивание последовательностей

Графики последовательностей могут быть используется для представления множественных выравниваний последовательностей с добавлением края нового типа, представляющего гомологию между сегментами. Для набора геномов можно создать ациклический граф точек останова с потоком для каждого генома. Для двух сегментов $(a,\; b)\; \{\backslash \; displaystyle\; (a,\; b)\}$и $(c,\; d)\; \{\backslash \; displaystyle\; (c,\; d)\}$, где $a\; \{\backslash \; displaystyle\; a\}$,$b\; \{\backslash \; displaystyle\; b\}$,$c\; \{\backslash \; displaystyle\; c\}$и $d\; \{\backslash \; displaystyle\; d\}$представляют собой конечные точки двух сегментов, ребра гомологии могут быть созданы от $a\; \{\backslash \; displaystyle\; a\}$до $c\; \{\backslash \; displaystyle\; c\}$и $b\; \{\backslash \; displaystyle\; b\}$до $d\; \{\backslash \; displaystyle\; d\}$или от $a\; \{\backslash \; displaystyle\; a\}$до $от\; d\; \{\backslash \; displaystyle\; d\}$и $b\; \{\backslash \; displaystyle\; b\}$до $c\; \{\backslash \; displaystyle\; c\}$- представляющие две возможные ориентации гомологии. Преимущество представления множественного выравнивания последовательностей таким способом состоит в том, что можно включать инверсии и другие структурные перестройки, которые не допускаются в матричном представлении.

Представление варианта

Если существует несколько возможных путей при обходе потока в графе последовательностей, несколько последовательностей могут быть представлены одним потоком. Это означает, что можно создать граф последовательности, который представляет популяцию людей с немного разными геномами, причем каждому геному соответствует один путь через граф. Эти графики были предложены в качестве замены ссылки генома человека.