Войти
Красные водоросли RedToL, или «Дерево жизни красных водорослей», является частью совместного Национального научного фонда Деятельность «Сборка Древа Жизни» (AToL), финансируемая Отделом Биологии окружающей среды, Директоратом Биологических наук. Общая цель AToL состоит в том, чтобы разрешить эволюционные отношения для больших групп организмов на протяжении всей истории жизни, при этом в исследованиях часто участвуют большие группы, работающие в разных учреждениях и дисциплинах. Исследователи обычно получают поддержку в проектах по сбору, анализу, разработке алгоритмов и распространению в вычислительной филогенетике и филоинформатике.
Филогенетический и геномный подходы к реконструкции древа жизни красных водорослей сосредоточены на Rhodophyta (красные водоросли ), одной из самых древних эукариот тип с ископаемыми свидетельствами существования Bangiales возрастом 1,2 миллиарда лет. Красные водоросли являются не только ключевыми представителями морской и пресноводной водной окружающей среды, но они также являются источниками важных пищевых продуктов, таких как dulse и суши обертывания и имеют множество фармацевтических и промышленных применений (например, агароза и каррагинаны ). Возможно, наиболее важной является роль красных водорослей в симбиогенезе. Красная водоросль была древним (>1 миллиард лет назад) донором пластид в хлорофилл c -содержащих водорослей (гетероконта или страменофилов), которые стали широко известны. в морских экосистемах после окончания пермского периода с такими группами, как диатомеи, в настоящее время обеспечивающими ок. 20% глобального фиксированного углерода.
Цели RedToL: 1) восстановить надежную филогению 471 вида красных водорослей с помощью конкатенированного набор данных из 2 ядерных, 4 пластидных и 2 митохондриальных генных маркеров; 2) секвенировать пластидные геномы и создать базы данных транскриптомов для 16 ключевых таксонов, которые представляют филогенетический (например, на уровне классов и порядков) широту красных водорослей, 3) сделать свободно доступными данные о нескольких генах и геномах красных водорослей через публикацию в GenBank и на веб-сайте конкретного проекта. Программа обучения и наставничества студентов является важным компонентом инициативы RedToL.
471 выбранный вид из 294 родов представляют разнообразие ок. 6000 видов красных водорослей (т.е. будет включено около 35% всех родов красных водорослей, которые представляют все существующие отряды). Прочная филогенетическая основа, полученная в результате этого исследования, является основой для всестороннего таксономического пересмотра красных водорослей и обеспечивает основу для интерпретации ключевых нововведений в ходе эволюции красных водорослей . Поскольку выбранные гены-маркеры используются в разных проектах «Сборка древа жизни» (AToL), они обеспечат общую основу для будущего всеобъемлющего эукариотического дерева. Полные данные о пластидном геноме и транскриптоме из 16 основных таксонов красных водорослей обеспечат инвентаризацию генома для облегчения понимания эволюции красных водорослей, а также обеспечат основу для филогенетического анализа с использованием богатого набора (то есть сотен) вертикально наследуемых генов. Данные генома будут специально проверять отношения между основными классами и отрядами красных водорослей. Члены команды RedToL представляют восемь организаций, включая двух иностранных сотрудников и пятнадцать членов консультативного совета, и представляют наиболее известных активных национальных и международных специалистов по красным водорослям разных поколений, которые используют разные методы (от таксономии до филогеномики ) для лучшего понимания биологии красных водорослей.
