Минимум необходимой информации о гликомическом эксперименте (MIRAGE)

Инициатива Минимум информации, требуемой о эксперименте с гликомиксами (MIRAGE ) является частью Минимальных информационных стандартов и, в частности, относится к руководящим принципам для составления отчетов (описывающих метаданные ) в эксперименте гликомики. Инициатива поддерживается Институтом развития химических наук им. Бейльштейна. Проект MIRAGE фокусируется на разработке руководящих принципов публикации данных взаимодействия и структурной гликомики, а также на разработке форматов обмена данными. Проект был запущен в 2011 году в Сиэтле и начался с описания целей проекта MIRAGE.

• 1 Организация
• 2 Руководство по отчетности
• 3 Производные инструменты
• 4 Ссылки
• 5 Внешние ссылки

Комиссия MIRAGE состоит из трех групп, которые тесно взаимодействуют друг с другом. Консультативный совет состоит из ведущих ученых в области гликобиологии, которые, например, критически анализируют результаты рабочей группы и продвигают рекомендации по отчетности в сообществе. рабочая группа ищет сторонние консультации и напрямую взаимодействует с гликомическим сообществом. Члены группы выполняют определенные подпроекты (например, разработку и пересмотр руководств), уделяя особое внимание конкретным областям исследований для достижения общих целей проекта MIRAGE. Координационная группа связывает вместе подпроекты из рабочей группы и передает результаты на рассмотрение консультативному совету.

Были разработаны и опубликованы следующие инструкции по отчетности:

• Руководство MIRAGE MS по отчетности масс-спектрометрический анализ гликанов. Эти рекомендации основаны на шаблоне рекомендаций MIAPE, то есть MIAPE-MS версии 2.24
• Руководства по подготовке проб MIRAGE, которые считаются общей основой для любых дальнейших руководящих принципов отчетности MIRAGE с целью соблюдения требований. для краткого и последовательного анализа данных.
• MIRAGE Руководящие принципы по гликановым микрочипам. Для всестороннего описания экспериментов с гликановыми матрицами были разработаны руководящие принципы отчетности по анализу гликановых микроматриц. Чтобы помочь авторам в составлении отчетов в соответствии с этими руководящими принципами, предоставлены образцы публикаций и шаблон с примером данных.
• Руководство по жидкостной хроматографии MIRAGE для составления отчетов о гликановых данных жидкостной хроматографии (ЖХ).

Руководящие принципы отчетности MIRAGE обеспечивают необходимую основу для последующих проектов, связанных с разработкой как программных инструментов для анализа экспериментальных данных гликанов, так и баз данных для размещения данных анализа взаимодействия (например, из экспериментов с гликановыми микрочипами) и структурных данные анализа (например, из экспериментов масс-спектрометрии и жидкостной хроматографии). Поскольку руководство включает определения минимальной информации, необходимой для исчерпывающего отчета об экспериментах с гликомикой, эта информация включается в структуры баз данных, формы сбора данных и форматы обмена данными..

Следующие базы данных соответствуют руководящим принципам MIRAGE:

• UniCarb- DB, в котором хранятся тщательно отобранные данные и информация о структурах гликанов и связанных с ними данных фрагментов, характеризуемых стратегиями LC- тандемной масс-спектрометрии.
• GlycoStore тщательно подобранная хроматография, Электрофорез и масс-спектрометрия база данных состава N-, O-, гликосфинголипидов (GSL) гликанов и свободных олигосахаридов, связанных с рядом гликопротеинов, гликолипидов и биотерапевтических средств.
• UniCarb -DR репозиторий данных MS для гликановых структур
• GlycoPOST репозиторий масс-спектров для гликомики и гликопротеомики

Следующие проекты относятся к стандартам MIRAGE:

• GlyTouCan - репозиторий гликановых структур с уникальными мне бы энтификаторы присваиваются индивидуально сообщаемым гликановым структурам
• UniCarbKB база данных гликанов и гликопротеинов
• GlyGen, проект интеграции и распространения данных, связанных с углеводами и гликоконъюгатами
• GlyConnect, интегрированная платформа для гликомики и гликопротеомики

• Запись на Fairsharing.org с инструкциями по приготовлению образцов MIRAGE
• Запись на Fairsharing.org для MIRAGE Рекомендации по масс-спектрометрии
• Запись на Fairsharing.org для MIRAGE Рекомендации по использованию гликанов
• Запишите на Fairsharing.org для MIRAGE Рекомендации по жидкостной хроматографии