Макронуклеус (ранее также meganucleus) является большим типом ядра в инфузориях. Макронуклеусы полиплоидны и подвергаются прямому делению без митоза. Он контролирует нерепродуктивные функции клеток, такие как метаболизм. При конъюгации, макронуклеус разрушается, и новая макронуклеус образована кариогамией из микроядер.
Макронуклеус содержит от сотен до тысяч хромосом, каждая из которых присутствует во многих копиях. В макронуклеусе отсутствует механизм, позволяющий точно разделить этот сложный геном одинаково во время деления ядра; таким образом, неизвестно, как клетке удается поддерживать сбалансированный геном после нескольких поколений делений.
.