Судебная система Афганистана пришла в упадок во время советской оккупации, и правосудие отправлялось в соответствии со строгими исламскими законами в эпоху талибов (1996–2001). Чтобы заменить временную систему, действовавшую при переходном правительстве, конституция 2004 года предусматривала, что в состав Верховного суда входят девять судей, назначаемых президентом с одобрения Волеса джирги на 10-летний срок. Ниже Верховного суда находятся суды высшей инстанции и апелляционные суды. Суд национальной безопасности рассматривает дела о терроризме и других угрозах национальной безопасности.
В каждой провинции есть суд низшей и высшей инстанции; один - самый авторитетный источник, называемый Верховным судом, а другой - Генеральная прокуратура, основной задачей которой является расследование дел, впервые переданных в суд. Обе ветви работают вместе. Верховный суд также имеет местные отделения на провинциальном и районном уровнях. Судебные процедуры находятся под влиянием местных властей и традиций, а количество квалифицированных юристов очень ограничено. В 2002 году переходное правительство учредило образовательную программу, проводимую итальянскими судебными экспертами для подготовки судей, прокуроров и адвокатов. Хотя в начале 2000-х некоторые люди прошли светскую судебную подготовку, большинство чиновников местных судов были выходцами из мусульманских религиозных школ и не обладали судебными навыками. Однако номинальные требования к участию в судебной системе относительно высоки, а оплата труда довольно низка. Соответствующие роли исламского и светского права в новой национальной судебной системе не установлены; значительная часть нынешнего кодекса законов основана на законах, принятых при последнем короле Мохаммаде Захир Шахе (годы правления 1933–1973 гг.). В сельских районах, где местные старейшины и племенные власти рассматривают уголовные дела, законы Талибана остаются в силе, а приговоры часто основываются на исламском и племенном праве.