Археоптерикс (визуализация и анализ эволюционного дерева)

Archeopteryx

Разработчик (и)	Christian M. Zmasek
Стабильная версия	0.972+ beta 9M / 2012.08.08
Репозиторий	github.com / cmzmasek / forester
Операционная система	Windows, Linux, Mac OS X
Тип	Биоинформатика, филогеномика
Лицензия	LGPL
Веб-сайт	https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx

Archaeopteryx- интерактивная компьютерная программа, написанная на Java, для просмотр, редактирование и анализ филогенетических деревьев. Этот тип программы можно использовать для различных анализов наборов молекулярных данных, но он специально разработан для филогеномики. Помимо форматов описания деревьев с ограниченной выразительностью (таких как Newick / New Hamphshire, Nexus), он также реализует формат phyloXML. Archeopteryx является преемником программы Java A Tree Viewer (ATV).

1. ^Han, Mira V.; Змасек, Кристиан М. (2009). "phyloXML: XML для эволюционной биологии и сравнительной геномики". BMC Bioinformatics. 10 : 356. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-356. PMC 2774328. PMID 19860910.
2. ^Zmasek, Christian M.; Эдди, Шон Р. (2001). «ATV: отображение и управление аннотированными филогенетическими деревьями». Биоинформатика. 17 (4): 383–384. doi : 10.1093 / bioinformatics / 17.4.383. PMID 11301314.

• phyloXML
• Список программного обеспечения для филогении, размещенного в Вашингтонском университете
• Archeopteryx