Университет Доула был основан в 1423 году Филиппом Добрым из Бургундии в Доле в Фри графстве Бургундия (тогда княжество Священной Римской империи, но теперь в Франции ). Он стал ведущим университетом в Западной Европе, исторически известным своим преподаванием канонического и гражданского права.
От основания университет управлялся студентами по модели Болоньи, но в 1613 году коллегия профессоров направила официального заместителя к эрцгерцогам в Брюсселе, стремясь преобразовать Университет в Magisteruniversität, такой как Лувен и Дуэ. С этой целью эрцгерцоги издавали указы (1616-1618 гг.), Но студенты не хотели этого, открыто отвергали указы и бойкотировали университет. Вероятно, указы так и не были исполнены.
В 1691 Людовик XIV, который завоевал регион в 1678 году, перенес университет из Доля в Безансон, где его преемник теперь известен как Университет. Франш-Конте.