Войти
| Разработчик (и) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 10 декабря 2004 г.; 15 лет назад (2004-12-10) |
| Стабильный выпуск | 5.0.0 / 11 октября 2016 г.; 4 года назад (2016-10-11) |
| Написано на | C ++, Perl, Java |
| Операционная система | Linux, Windows, OS X |
| Тип | Bioinformatics / Программное обеспечение для масс-спектрометрии |
| Лицензия | GPL v. 2.0 и LGPL |
| Веб-сайт | |
Trans-Proteomic Pipeline (TPP ) - это программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа данных для протеомики, разработанное в Институт системной биологии (ISB) группы Руэди Эберсолда в Сиэтлском протеомном центре. TPP включает PeptideProphet, ProteinProphet, ASAPRatio, XPRESS и Libra.
PeptideProphet выполняет статистическую проверку совпадений пептидных спектров (PSM) с использованием результатов поисковых систем, оценивая уровень ложного обнаружения (FDR) на уровне PSM. Первоначальный PeptideProphet использовал соответствие гауссовского распределения для правильной идентификации и соответствие гамма-распределения для неправильной идентификации. Более поздняя модификация программы позволила использовать подход «цель-ловушка», используя либо модель смеси переменных компонентов, либо полупараметрическую модель смеси. В PeptideProphet при указании тега-приманки будет использоваться модель смеси переменных компонентов, а при выборе непараметрической модели будет использоваться модель полупараметрической смеси.
ProteinProphet идентифицирует белки на основе результатов PeptideProphet.
Mayu выполняет статистическую проверку идентификации белков, оценивая False Discovery Rate (FDR) на уровне белка.
Инструмент SpectraST может создавать спектральные библиотеки и искать наборы данных с использованием этих библиотек.
