Войти
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | База данных факторов транскрипции |
| Типы данных. захваченные | эукариотические факторы транскрипции, их сайты связывания и профили связывания |
| Организмы | эукариоты |
| Связаться | |
| Исследовательский центр | Инфекционный центр Гельмгольца Исследование; BIOBASE GmbH ; geneXplain GmbH |
| Основная ссылка | Wingender (2008) |
| Дата выпуска | 1988 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | TRANSFAC 7.0 Public 2005 |
TRANSFAC (база данных транскрипции FACtor) представляет собой вручную созданную базу данных эукариотических факторов транскрипции, их геномных сайтов связывания и профилей связывания ДНК. Содержимое базы данных можно использовать для прогнозирования потенциальных сайтов связывания факторов транскрипции.
Источником базы данных был сборник ранних данных, опубликованный в 1988 году. Первая версия, выпущенная под названием TRANSFAC, была разработана в бывшем немецком Национальный исследовательский центр биотехнологии и предназначен для локальной установки (сейчас: Центр исследования инфекций им. Гельмгольца ). В одном из первых финансируемых государством проектов в области биоинформатики, начатом в 1993 году, TRANSFAC превратился в ресурс, который стал доступен в Интернете.
В 1997 году TRANSFAC был передан недавно созданной компании BIOBASE, чтобы обеспечить долгосрочное финансирование базы данных. С тех пор необходимо лицензировать самую последнюю версию, тогда как более старые версии бесплатны для некоммерческих пользователей. С июля 2016 года TRANSFAC обслуживается и распространяется компанией geneXplain GmbH, Вольфенбюттель, Германия.
Содержимое базы данных организовано таким образом, что оно сосредоточено на взаимодействии между факторы транскрипции (TF) и их сайты связывания ДНК (TFBS). ТФ описаны с учетом их структурных и функциональных особенностей, взятых из оригинальной научной литературы. Они подразделяются на семейства, классы и суперклассы в соответствии с особенностями их ДНК-связывающих доменов..
Связывание TF с геномным сайтом документируется путем указания локализации сайта, его последовательности и применяемого экспериментального метода. Все сайты, которые относятся к одному TF или группе тесно связанных TF, выравниваются и используются для построения позиционно-зависимой оценочной матрицы (PSSM) или матрицы подсчета. Многие матрицы библиотеки матриц TRANSFAC были созданы командой кураторов, другие были взяты из научных публикаций.
Использование более старой версии TRANSFAC бесплатно для некоммерческих пользователей. Для доступа к самой последней версии требуется лицензия.
База данных TRANSFAC может использоваться как энциклопедия факторов транскрипции эукариот. Последовательности-мишени и регулируемые гены могут быть перечислены для каждого TF, что может использоваться в качестве эталона для инструментов распознавания TFBS или в качестве обучающих наборов для алгоритмов распознавания новых сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS). Классификация TF позволяет анализировать такие наборы данных в отношении свойств ДНК-связывающих доменов. Другое приложение - получить все TF, которые регулируют данный (набор) генов. В контексте системно-биологических исследований отношения генов-мишеней TF, задокументированные в TRANSFAC, были использованы для построения и анализа сетей регуляции транскрипции. Безусловно, наиболее частым использованием TRANSFAC является расчетное прогнозирование потенциальной TFBS. Существует ряд алгоритмов, которые используют для этой цели либо отдельные сайты связывания, либо библиотеку матриц:
Сравнение матриц с матричной библиотекой TRANSFAC и других источников:
Ряд серверов предоставляют геномные аннотации, вычисленные с помощью TRANSFAC. Другие использовали такой анализ для определения целевых наборов генов.
