Эффект положения - это эффект на выражение ген, когда его расположение в хромосоме изменено, часто в результате транслокации. Это хорошо описано в Drosophila в отношении цвета глаз и известно как вариэгация эффекта положения (PEV).
Фенотип является хорошо характеризуется нестабильной экспрессией гена, приводящей к покраснению глаз. У мутантов глаза обычно имеют пестрый вид из белых и красных секторов. Эти фенотипы часто возникают из-за хромосомной транслокации, так что ген окраски теперь находится близко к области гетерохроматина. Гетерохроматин может распространяться стохастически и отключать ген цвета, что приводит к появлению белых секторов глаза.
Эффект положения также используется для описания вариации экспрессии, проявляемой идентичными трансгенами, которые вставляются в разные области генома. В этом случае различие в экспрессии часто происходит из-за энхансеров, которые регулируют соседние гены. Эти местные энхансеры также могут влиять на характер экспрессии трансгена. Поскольку каждый трансгенный организм имеет трансген в другом месте, каждый трансгенный организм имеет потенциал для уникального паттерна экспрессии.