Патрокладограмма

редактировать

A Патрокладограмма - это кладистический паттерн ветвления, который был точно изменен за счет использования патристических расстояний (т. Е. Расхождений между линиями передачи); вид филограммы. Патристическое расстояние определяется как «количество апоморфных ступенчатых изменений, разделяющих два таксона на кладограмме», и используется исключительно для определения степени отклонения характеристики от общего предка. Это означает, что кладистические и святоотеческие расстояния объединяются для построения нового дерева с использованием различных фенетических алгоритмов. Цель патрокладограммы в биологической классификации состоит в том, чтобы сформировать гипотезу о том, какие эволюционные процессы фактически задействованы, до принятия таксономического решения. Патрокладограммы основаны на биостатистике, которая включает, но не ограничивается: экономию, матрицу расстояний, методы правдоподобия и байесовские методы. вероятность. Некоторые примеры геномно связанных данных, которые могут использоваться в качестве входных данных для этих методов: молекулярные последовательности, последовательности всего генома, частоты генов, сайты рестрикции., матрицы расстояний, уникальные символы, мутации, такие как SNP и данные митохондриального генома.

Содержание

  • 1 Предостережения при использовании патрокладограмм
  • 2 Программы для анализа патрокладограмм
    • 2.1 PATRISTIC
    • 2.2 RAMI
  • 3 Дополнительная литература
  • 4 Ссылки
  • 5 Внешние ссылки

Предостережения при использовании патрокладограмм

Патрокладограммы - это графики, которые подтверждают гипотезы сходства, тогда как филогенетические деревья - это графики, которые утверждают гипотезы общего происхождения. Когда патрокладограмма логически не соответствует гипотезе сопоставимого филогенетического дерева, ее не следует использовать для определения монофилетических групп. Использование патрокладограмм может исказить интерпретацию новой эволюции или отобразить гомологичные признаки как гомопластические.

Программы для анализа патрокладограмм

Большинство филограмм сохранено в некоторых вариантах Формат Ньюика, например: PAUP *, MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis, Clustal, PHYLIP или Файл Nexus. Эти различные версии формата Ньюика могут затем использоваться в качестве входных данных для святоотеческих расстояний при формировании патрокладограммы. Существует две широко используемых части программного обеспечения ; один используется для анализа патристического расстояния, а другой - для создания видимой патрокладограммы.

См. Обе программы ниже:

PATRISTIC

Patristic - это программа на Java, которая использует различные файлы деревьев в качестве входных данных и вычисляет их святоотеческие расстояния. Патристика позволяет сохранять и редактировать эти расстояния. Patristic предоставляет различные графические представления результатов, а также возможность сохранять их в формате CSV для построения графики с помощью Excel.

RAMI

RAMI использует длины ветвей для создания кластеров, которые затем могут быть визуализируется в виде патрокладограммы.

Дополнительная литература

  • Хёрандл, Эльвира; Стюсси, Тод Ф. (декабрь 2010 г.), «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации», Таксон, 59(6): 1641–1653, doi : 10.1002 / tax.596001
  • Стюсси, Тод Ф. (февраль 2009 г.), «Парадигмы в биологической классификации (1707-2007): действительно ли что-нибудь изменилось?», Таксон, 58(1): 68–76, doi : 10.1002 / tax.581010

Ссылки

Внешние ссылки

.

Последняя правка сделана 2021-06-01 05:30:09
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте