Индекс отцовства

редактировать

В испытании отцовства Индекс отцовства (PI) - это рассчитанное значение, сгенерированное для единственный генетический маркер или локус (хромосомное положение или участок интересующей последовательности ДНК ) и связан со статистической силой или весом этого локуса в пользу или против отцовства с учетом фенотипов испытуемых и сценария наследования. Фенотип обычно относится к таким физическим характеристикам, как план тела, цвет, поведение и т. Д. У организмов. Однако термин, используемый в области ДНК-тестирования отцовства, относится к тому, что наблюдается непосредственно в лаборатории. Лаборатории, участвующие в тестировании отцовства и других областях идентификации человека, используют панели генетического тестирования, которые содержат батарею локусов (множественное число для локуса), каждый из которых выбирается из-за обширных аллельных вариаций внутри и между популяциями. Предполагается, что эти генетические вариации не наделяют человека физическими и / или поведенческими атрибутами, несущими аллельный набор (а), и поэтому не подвергаются селективному давлению и следуют паттернам наследования Харди Вайнберга.

Произведение индивидуальных ИП - это ИПЦ (комбинированный индекс отцовства), который в конечном итоге используется для расчета вероятности отцовства в отчетах об испытаниях на отцовство. Требования к минимальной вероятности отцовства для случаев штата различаются между штатами, но AABB требует в своих Стандартах для лабораторий тестирования родственных связей (в настоящее время в 9-м издании) сообщать минимум 99,0%, если испытуемый не является исключен 'как биологический отец рассматриваемого ребенка. Государственный департамент США требует минимальной вероятности отцовства 99,5% для всех иммиграционных случаев.

В расчетах PI используются частоты аллелей, полученные из установленных баз данных населения, чаще всего с использованием коротких тандемных повторов.

Поскольку частоты аллелей могут быть либо сгенерированы собственными силами, либо опубликованы, ИП могут различаться в зависимости от компании. Это понятное явление, которое может быть оправдано членами сообщества тестировщиков.

Содержание

1 Расчеты
2 См. Также
3 Ссылки
4 Дополнительная литература
5 Внешние ссылки

Расчеты

PI - это отношение правдоподобия, которое создается путем сравнения двух вероятностей, где PI = X / Y :

Числитель («X») - вероятность того, что мы наблюдаем фенотипы тестируемых участников в сценарии наследования, учитывая, что тестируемый мужчина является истинным биологическим отцом. Проще говоря, вероятность того, что какое-то событие произойдет при определенном наборе обстоятельств или условий. Этот расчет предполагает, что испытуемые представляют собой «истинное трио / дуэт» (что объясняется двумя абзацами ниже), или, другими словами, проверенные родители являются настоящими биологическими родителями.
Знаменатель («Y ”) - Вероятность того, что мы наблюдаем фенотипы испытуемых участников в сценарии наследования, учитывая, что истинным биологическим отцом является случайный мужчина. Проще говоря, вероятность того, что какое-то событие произойдет при другом наборе обстоятельств или условий. Этот расчет предполагает, что испытуемые являются «ложным трио / дуэтом» или, другими словами, проверенные родители не являются истинными биологическими родителями.

В общем, X / Y можно перевести как: Это X В Y раз больше шансов увидеть наблюдаемые фенотипы, если тестируемый мужчина является истинным биологическим отцом, чем если бы истинным биологическим отцом был непроверенный, неродственный случайно выбранный мужчина из той же расовой популяции.

Существует 14 возможных комбинаций отцовства по трио и 5 возможных комбинаций отцовства по двое.

См. Также

Ссылки

Дополнительная литература

Budowle, B; Monson, KL; Чакраборти, Р. (1996). «Оценка минимальных частот аллелей для оценок частоты профиля ДНК для локусов на основе ПЦР». Международный журнал судебной медицины. 108 (4): 173–6. doi : 10.1007 / BF01369786. PMID 8652419.
Budowle, B; Спречер, CJ (2001). «Исследование соответствия образцов из базы данных населения с использованием набора PowerPlex 16 и набора AmpFlSTR Profiler Plus и набора AmpFlSTR COfiler». Журнал судебной медицины. 46 (3): 637–41. doi : 10.1520 / JFS15016J. PMID 11373002.
Бадоул, Брюс; Коллинз, Патрик Дж.; Димсоски, Перо; Ganong, Constance K.; Хеннесси, Лори К.; Leibelt, Craig S.; Рао-Котиконе, Сулеха; Шадраван, Фариде; Ридер, Деннис Дж. (2001). «Данные о популяции STR-локусов D2S1338 и D19S433». Судебно-научные коммуникации. 3 (3).
Левадоку, EN; Freeman, DA; Будзинский, MJ; Рано, BE; МакЭлфреш, KC; Schumm, JW; Amin, AS; Kim, YK; и другие. (2001). «Частоты аллелей для четырнадцати STR-локусов мультиплексных систем PowerPlex 1.1 и 2.1 и локуса Penta D у европеоидов, афроамериканцев, латиноамериканцев и других популяций Соединенных Штатов Америки и Бразилии». Журнал судебной медицины. 46 (3): 736–61. PMID 11373021.
Батлер, JM; Decker, AE; Валлоне, PM; Клайн, MC (2006). «Частоты аллелей для 27 локусов Y-STR в выборках кавказцев, афроамериканцев и латиноамериканцев из США». Международная криминалистическая экспертиза. 156 (2–3): 250–60. doi : 10.1016 / j.forsciint.2005.02.011. PMID 16410169.
Батлер, JM; Шоске, Р. Валлоне, PM; Редман, JW; Клайн, MC (2003). «Частоты аллелей для 15 аутосомных STR-локусов в кавказских, афроамериканских и испаноязычных популяциях США». Журнал судебной медицины. 48 (4): 908–11. DOI : 10.1520 / JFS2003045. PMID 12877323.
Валлоне, PM; Decker, AE; Батлер, JM (2005). «Частоты аллелей для 70 аутосомных локусов SNP в выборках кавказцев, афроамериканцев и латиноамериканцев из США». Международная криминалистическая экспертиза. 149 (2–3): 279–86. doi : 10.1016 / j.forsciint.2004.07.014. PMID 15749374.
Brenner CH (1999) Анализ родства по ДНК, когда есть много возможностей, Progress in Forensic Genetics 8, Eds G Sensabaugh et al. ISBN 978-0-444-50303-9
Que, TZ; Ян, PH; Линь, У; Лю, Y; Ли, Л. (2009). «Оценка системы идентификации при тестировании на отцовство». Fa Yi Xue Za Zhi. 25 (3): 184–6. PMID 19697775.
Томсон, штат Джерси; Pilotti, V; Стивенс, П.; Ayres, KL; Дебенхэм, PG (1999). «Валидация короткого тандемного повторного анализа для расследования дел об отцовстве». Международная криминалистическая экспертиза. 100 (1–2): 1–16. DOI : 10.1016 / S0379-0738 (98) 00199-6. PMID 10356771.

Внешние ссылки