Цикл энтропия является энтропия теряется при объединении двух остатков из более полимера в пределах заданного расстояния. Для одиночного цикла энтропия изменяется логарифмически с количеством остатков в цикле.
где есть постоянная Больцмана, и это коэффициент, который зависит от свойств полимера. Эта формула энтропии соответствует степенному распределению вероятности контакта остатков.
Энтропия петли также может изменяться в зависимости от положения контактирующих остатков. Остатки около концов полимера с большей вероятностью соприкоснутся (количественно меньше), чем остатки в середине (то есть вдали от концов), в первую очередь из-за исключенных объемных эффектов.
Формула энтропии петли усложняется при наличии нескольких петель, но ее можно определить для гауссовского полимера с использованием матричного метода, разработанного Вангом и Уленбеком. Пусть между остатками существуют контакты, определяющие петли полимеров. Матрица Ванга-Уленбека - это симметричная вещественная матрица, элементы которой равны числу общих вычетов между циклами и. Энтропия установления указанных контактов равна
В качестве примера рассмотрим потерю энтропии при установлении контактов между остатками 26 и 84 и остатками 58 и 110 в полимере (сравните с рибонуклеазой A ). Первая и вторая петли имеют длину 58 (= 84-26) и 52 (= 110-58) соответственно, и они имеют 26 (= 84-58) общих остатков. Соответствующая матрица Ванга-Уленбека имеет вид
определитель которого равен 2340. Логарифмируя и умножая на константы, получаем энтропию.