Коптская православная церковь в Южной Америке есть епископы в Боливии и Бразилии.
В 1997, пт. Агатон Амба Була услышал о некоторых коптах, живших в Боливии, и стал их навещать. Он продолжал служить им четыре года, пока они не попросили постоянного священника. Пт. Юсеф Амба Була был послан служить им. Юсеф прошел второстепенные курсы испанского до приезда в Боливию. Он прибыл 14 декабря 2000 года. Юсеф начал свои услуги в арендованной квартире в бедном районе. Однако в Боливии остался только один копт. Остальные семьи вернулись в Египет или иммигрировали в США. Свою первую литургию он совершил в холле своей квартиры через три дня после приезда. В то время богослужебных книг на испанском языке не было, но в течение шести месяцев он сделал перевод. Он продолжал молиться в зале два года.
Юсеф начал преподавать коптские гимны детям и молодежи на коптском и испанском языках. Он устраивал поездки. Он начал регулярно общаться со многими боливийцами. Часто они спрашивали его о его одежде, бороде и кресте, который он носит. Когда они узнали, что он христианин, они начали расспрашивать его о его убеждениях и Коптской православной церкви. Он объяснил Православие и показал им любовь Христа. Юсеф любил их, и они любили его в ответ. Он проводил с ними время, выслушивал их проблемы, помогал находить решения и давал духовные советы. Он начал различные духовные и социальные службы. Они узнали о Коптской церкви, приняли ее и крестились. Юсеф многократно совершал таинства крещения, конфирмации, бракосочетания и помазания больных. Он написал книгу о Коптской церкви на испанском языке и опубликовал книгу «Коптская испанская литургия». Под руководством Папы Шенуда III, с помощью о. Майкл Эдвард, священник церкви Святого Марка в Кливленде, и решимость Юсефа, служение продолжало расти.
К 2002 году Церковь быстро росла в количестве и служении. Юсеф искал землю для постройки церкви. Он нашел подходящее для этого место с большим залом и игровой площадкой и купил его. СМИ признали стремительный рост церкви и пригласили Юсефа дать интервью в газетах и на телевидении. Мероприятия для собрания постоянно увеличивались. Сюда входили обучение, приготовление пищи и ремесла. В 2003 году он привез больше земли и построил зал для мероприятий, который будет использоваться для различных служб.
В 2004 году Юсеф начал строительство новой церкви в ее нынешнем виде. За девять месяцев конструкция здания была завершена. Вскоре после этого Тасони Савсан специально прилетел из Египта, чтобы рисовать иконы церкви. Иконостас был выполнен в традиционном коптском стиле боливийцами.
13 февраля 2006 г. Папа Шенуда III в сопровождении епископов и священников посетил Боливию, чтобы освятить церковь Санта-Мария-и-Сан-Маркос. Боливийцы тепло встретили их. Событие транслировалось в прямом эфире по радио, по телевидению в Боливии и задокументировано в местных газетах. На освящении присутствовали многие высокопоставленные лица, в том числе церковные и политические деятели.
11 июня 2006 года Шенуда рукоположил Юсефа во епископа Боливии. В июне следующего года Епископ Юсеф привел о. Хедра Анба Була на службе у него в Боливии. Позже к ним присоединился брат Милад, который 15 ноября 2009 года был рукоположен епископом как отец Антоний. Брат Риад присоединился к служению в качестве дьякона в 2010 году.
По состоянию на 2012 год в собрании было около 450 боливийцев, регулярно посещающих церковные службы. Коптская церковь хорошо известна среди боливийцев и в средствах массовой информации. Газеты высоко отзываются о Церкви и ее деятельности.
В церкви есть небольшая пекарня и столярная мастерская, которые обслуживают общину. Недавно епископ открыл Медицинский центр Папы Шенуда III. Церковь добавила библиотеку и компьютерный центр для молодежи, чтобы помочь им в учебе. Следующим шагом будет открытие детского дома и детского сада для помощи беспризорным детям.
В воскресенье, 12 февраля 2006 года, Шенуда освятил Коптскую православную церковь Святого Марка в Сан-Паулу, Бразилия. На следующий день Папа освятил коптскую православную церковь Святой Марии и Святого Марка в Санта-Крус, Боливия.
В Южной Америке есть много коптских православных церквей и общин., в настоящее время в церкви есть два епископа, оба рукоположенные в 2006 году, служащие в Южной Америке