Жеребьевка второго тура состоялась 11 сентября 2012 года. Матч между командами «Бавария» Мюнхен и Франкфурт - это повторение чемпионата 2011–2012 годов.
6 октября 2012 г.
Magdeburger FFC
0–3
Вердер Бремен
RSV Roßdorf
2–3 a.e.t.
TSV Crailsheim
1. ФК Саарбрюккен
0–6
СК Бад-Нойенар
СВ 67 Вайнберг
1–5
СК Фрайбург
Б.В. Клоппенбург
6–1
1. FFC Recklinghausen
7 октября 2012 г.
FFC Oldesloe 2000
0–5
1. ФК Локомотив Лейпциг
Боруссия Менхенгладбах
0–3
СК Санд
1. Турбина FFC Потсдам
5–3
SGS Essen
Herforder SV
3–1
FSV Gütersloh 2009
VfL Wolfsburg
4–0
1. FC Lübars
Bayer Leverkusen
5–0 a.e.t.
FCR 2001 Дуйсбург
Бавария Мюнхен
1–1 (6–4 ручки)
1. FFC Франкфурт
1. FC Köln
3–2
ETSV Würzburg
Blau-Weiss Hohen Neuendorf
0–2
FF USV Jena
Holstein Kiel
1-3 a.e.t.
SV Meppen
1899 Hoffenheim
6–4 н.э.
ВФЛ Зиндельфинген
1/8 финала
Жеребьевка 1/8 финала состоялась 14 октября 2012 года. Матчи будут сыграны 17 и 18 ноября 2012 года.
17 Ноябрь 2012 г.
1. ФК Кёльн
0–1
СК Фрайбург
1899 Хоффенхайм
3–1
1. ФК Локомотив Лейпциг
СК Бад-Нойенар
0–1
1. FFC Turbine Potsdam
18 ноября 2012
TSV Crailsheim
1–5
Herforder SV
Вердер Бремен
1–4
FF USV Jena
Б.В. Клоппенбург
2–3 ат.
SC Sand
SV Meppen
0–4
Бавария Мюнхен
FCR 2001 Duisburg
1–8
VfL Wolfsburg
Четвертьфиналы
Жеребьевка четвертьфинала состоялась 29 ноября 2012 года. Матчи состоялись 15 и 16 декабря 2012 года. Один матч был отложен из-за плохой погоды.
15 декабря 2012 г.
1899 Хоффенхайм
1–5
Бавария Мюнхен
16 декабря 2012 г.
SC Sand
0–1
1. FFC Turbine Potsdam
SC Freiburg
6–2
Herforder SV
9 февраля 2013 г.
VfL Wolfsburg
3–0
FF USV Jena
Полуфиналы
Жеребьевка полуфиналов состоялась 19 декабря 2012 года.