Project Jefferson был a скрытый США Программа Министерства военной разведки, разработанная для определения эффективности нынешней вакцины сибирской язвы против генетически модифицированных бактерий. Правовой статус программы в соответствии с Конвенцией о запрещении биологического оружия (BWC) 1972 года оспаривается.
Project Jefferson началась в 1997 году и была разработана для воспроизведения штамма генетически модифицированной сибирской язвы, выделенной Российские ученые в 1990-е годы. Цель состояла в том, чтобы определить, устойчив ли этот штамм к коммерчески доступной вакцине против сибирской язвы в США.
Проект был раскрыт в статье от 4 сентября 2001 г. в The New York Times. Репортеры Джудит Миллер, Стивен Энгельберг и Уильям Дж. Броуд сотрудничали в написании статьи. Предполагается, что репортеры были знакомы с программой не менее нескольких месяцев; вскоре после появления статьи они опубликовали книгу, в которой рассказывалась подробнее. Книга 2001 г. Микробы: биологическое оружие и секретная война Америки и статья являются единственными общедоступными источниками, детализирующими проект Джефферсон и его родственные проекты, Bacchus и Clear Vision.
Проект Джефферсон осуществлялся Управлением военной разведки и проверялся юристами Пентагона. Эти юристы определили, что проект Джефферсон соответствовал КБО. Несмотря на утверждения администраций Клинтона и Буша о том, что проект и его сестры были законными, несколько ученых-международников не согласились с этим.
Примечателен тот факт, что тайный Программа была исключена из деклараций КБО о мерах укрепления доверия (МД). Эти меры были введены в КБО в 1986 и 1991 годах для усиления договора, США долгое время поддерживали их ценность, и некоторые утверждали, что эти испытания подорвали доверие к Америке. Желание США сохранить такие программы в секрете было, по словам представителей администрации Буша, «важной причиной» того, что Буш отклонил подписанный 143 странами проект соглашения об усилении КБО.