Мегабатес ( древнеиранский Bagapātaʰ, греч. : Μεγαβάτης ; даты неизвестны) был персидским военачальником в конце VI - начале V веков до нашей эры. Согласно Геродоту, он был двоюродным братом Дария Великого и его брат Артаферн I, сатрап из Лидии.
Основываясь на трудах Геродота, Мегабат является наиболее заметным для его совместного участия в отказавший 499 BC осаду Наксос. Вместе с Аристагором и 200 кораблями он был послан Дарием Великим, чтобы присоединить небольшой остров в Эгейском море к Персидской империи.
Геродот считает, что это предприятие провалилось после четырехмесячной осады из-за взаимной неприязни между Аристагором и Мегабатесом. В результате Геродот заявляет, что именно Мегабатес предупредил наксийцев о последующей персидской осаде, как он и Аристагор спорили после того, как Мегабатес наказал капитана за то, что он не установил вахту. В результате жители Наксоса собрали припасы и укрепили свой город, чтобы выдержать четырехмесячную осаду. Считается, что Мегабатес стремился пристыдить Аристагора при персидском дворе из-за их спора во время путешествия на Наксос.
Мегабатес пошел по стопам своего старшего брата и был назначен сатрапом Фригии с резиденцией в Даскилиуме.
Одним из его сыновей был Мегабаз.