Страна Иллинойс управлялась военными комендантами на протяжении всего периода французского и британского правления, и в то время как графство Вирджиния. Присутствие французских военных интересов в Стране Иллинойса началось в 1682 году, когда Роберт де ла Саль построил форт Сен-Луи-дю-Рош на реке Иллинойс.. Комендант форта был высшим французским чиновником в регионе и подчинялся генерал-губернатору Новой Франции. В 1718 г. Иллинойс был переведен в Луизиану и переименован в Верхнюю Луизиану. Новой резиденцией правительства стал Форт-де-Шартр, расположенный на территории нынешнего юго-восточного Иллинойса среди растущих французских поселений Кахокия, Каскаския и Прери-дю. Роше.
В 1763 году, по завершении войны между французами и индейцами, вся территория Луизианы была разделена: Великобритания получила земли к востоку от Миссисипи и Испания претендует на земли к западу от нее. Новый город Св. Луис, на территории современного Миссури, стал резиденцией правительства Испанской Верхней Луизианы. Правительство британской стороны, нынешний Иллинойс, оставалось в руках военных комендантов форта Шартр; после того, как этот форт был оставлен, резиденция правительства переместилась в Каскаския. Британское правление в Иллинойсе было ad hoc и бессистемным. Закон Квебека 1774 года должен был создать правительство для региона, но прежде, чем он мог быть введен в действие, Иллинойс был захвачен ополчением Вирджинии в рамках кампании Иллинойса.
После 1787 года Иллинойс получил гражданское правительство как часть Северо-Западной и территорий Индианы, прежде чем стать отдельной территорией Иллинойс в 1809 году. Соединенные Штаты приобрели остальную часть Верхней Луизианы в Покупка Луизианы 1803 г.; военное правление продолжалось несколько месяцев, прежде чем оно было передано гражданскому правительству, сначала в рамках территории Индиана, а затем в качестве территории Луизианы в 1805 году.
Этот период включал всю реку Миссисипи и Река Миссури бассейн над устьем реки Арканзас.
После Семилетней войны Закончившийся в 1763 г. Парижский договор предоставил Великобритании право на восточный берег Миссисипи, снизу Батон-Руж к северу. Из-за начала войны Понтиака британские войска не могли взять под свой контроль форты Иллинойса до 1765 года.
Ополчение Вирджинии Джорджа Роджерса Кларка захватило Иллинойс в Кампании Иллинойса 1778 года. Территория была организована как Графство Иллинойс, Вирджиния и передана военному правительству, которое должно было быть временным. Это правительство прекратило свое существование в 1784 году, когда Вирджиния уступила страну Иллинойс правительству Соединенных Штатов. Он стал частью Северо-Западной территории в 1787 году.
После 1765 года, когда Западная Луизиана была передана Испании Францией, столица Верхней Луизианы был Сент-Луис, штат Миссури. Несмотря на это, губернаторы Сент-Луиса сохранили название «комендантов Иллинойса». В этот новый период Верхняя Луизиана относилась только к земле к западу от реки Миссисипи и выше устья реки Арканзас.
В 1803 году Франция при Наполеоне выкупила Луизиану у Испании. Франция так и не установила своего правления в Верхней Луизиане, и уже в 1803 году она продала всю территорию Соединенным Штатам в качестве покупки Луизианы. Юрисдикция находилась выше 33-й параллели на западном берегу реки Миссисипи. Номинальный контроль Франции над Сент-Луисом продлился всего один день, известный как День трех флагов, когда суверенитет был символически передан от Испании к Франции Соединенным Штатам. Американское военное правление продолжалось несколько месяцев. 1 октября 1804 года началось гражданское правительство под руководством губернатора территории Индиана. Верхняя Луизиана была реорганизована в Территорию Луизианы в 1805 году и Территорию Миссури в 1812 году.