Анализ молекулярной дисперсии

редактировать

Анализ молекулярной дисперсии (AMOVA ), это статистическая модель для молекулярного алгоритма в единственном виды, обычно биологические. Название и модель навеяны ANOVA. Этот метод был разработан в Университете Рутгерса в 1992 году.

С момента разработки AMOVA Excoffier написал программу для проведения такого анализа. Эта программа, работающая в Windows, называется Arlequin и находится в свободном доступе на веб-сайте Excoffier. Также существует реализация Сандрин Павуан на языке R в пакете ade4, доступном в CRAN (Comprehensive R Archive Network). Другая реализация находится в, которая также работает в Windows. Студенческая версия бесплатна и полностью функциональна. Родным языком приложения является испанский, но доступна и английская версия.

Дополнительный бесплатный статистический пакет GenAlEx предназначен как для обучения, так и для исследований и позволяет проводить комплексный генетический анализ и сравнивать его в широко используемом интерфейсе Microsoft Excel. Это программное обеспечение позволяет рассчитывать анализы, такие как AMOVA, а также сравнивать с другими типами тесно связанных статистических данных, включая F-статистику, индекс Шеннона и многое другое.

Ссылки

^Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (июнь 1992 г.). «Анализ молекулярной дисперсии, выведенной из метрических расстояний между гаплотипами ДНК: приложение к данным рестрикции митохондриальной ДНК человека» (свободный полный текст). Генетика. 131 (2): 479–91. ISSN 0016-6731. PMC 1205020. PMID 1644282.
^Пиколл, Р. и Смаус П.Э. (2012) GenAlEx 6.5: генетический анализ в Excel. Популяционно-генетическое программное обеспечение для обучения и исследований - обновление. Биоинформатика 28, 2537–2539.

Внешние ссылки