База данных и анализ вирусных патогенов
редактировать
База данных и аналитический ресурс по вирусным патогенам (ViPR) - это комплексная и всеобъемлющая общедоступная база данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализировать, сохранять и обмениваться данными по вирусным патогенам в США Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID) Списки приоритетных патогенов категории AC для исследований в области биозащиты, а также других вирусных патогенов, вызывающих новые / вновь возникающие инфекционные заболевания. ViPR является одним из пяти центров ресурсов по биоинформатике (BRC), финансируемых NIAID, компонентом Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США.
Содержание
- 1 Семейства вирусов, охватываемые ViPR
- 2 Типы данных в ViPR
- 3 Инструменты анализа и визуализации в ViPR
- 4 Ссылки
- 5 Внешние ссылки
Семейства вирусов, охватываемые ViPR
База данных ViPR включает геномы из следующих вирусных семейств: Arenaviridae, Bunyaviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviviridae, Hepeviridae, Herpesviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae, Poxviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae и Togaviridae.
Типы данных в ViPR
- Геномы
- Геном аннотации
- Гены и белки
- Предсказанные белковые домены и мотивы
- Иммунные эпитопы
- Характеристики последовательности
- Орт кластеры логического белка
- 3D структура белка
- Клинические метаданные
- Данные фактора хозяина
Инструменты анализа и визуализации в ViPR
- BLAST: предоставляет множество настраиваемых баз данных ViPR для определения наиболее родственных последовательностей
- Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую пептидную последовательность, используя точное, нечеткое или сопоставление с образцом
- Анализ вариации последовательностей ([однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариацию последовательностей, существующих в указанных последовательностях
- Управляемый метаданными инструмент сравнительного анализа последовательностей (Meta-CATS): автоматический сравнительный статистический анализ для определения позиций на протяжении множественного выравнивания последовательностей которые значительно различаются между группами последовательностей, обладающих определенными фенотипическими характеристиками
- Выравнивание множественных последовательностей: выравнивает небольшие геномы, последовательности генов / белков или последовательности больших вирусных геномов с использованием одного из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для выполнения конкретной работы
- Выравнивание последовательности nt Visualization: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
- Создание филогенетического дерева: вычисляет дерево с использованием одного из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей
- Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штамма с цветовой кодировкой на дереве с помощью программы просмотра Archeopteryx
- GBrowse: обеспечивает возможность просмотра генома для больших ДНК вирусных геномов (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательности ViPR для вируса осповакцины
- Тип варианта функции последовательности (SFVT) анализ: предоставляет централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательностей в каждой определенной области
- Визуализация структуры белка в 3D: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями последовательностей ViPR, когда это применимо, и предоставляет интерактивную трехмерную структуру белка средство просмотра с использованием Jmol
- Genome Annotator (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем
- Генотип D определение и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для предоставленных пользователем последовательностей и определяет возможные сайты рекомбинации для вирусов семейства Flaviviridae
- Дизайн праймера для ПЦР: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и заданных параметров
- ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
- Средство отправки функции последовательности: позволяет пользователям определять функцию последовательности, заполняя веб-форму
- Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа
- Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа
Ссылки
Внешние ссылки
- ViPR BRC
- Центры ресурсов по биоинформатике Страница NIAID с описанием целей и деятельности BRC