База данных и анализ вирусных патогенов

редактировать
VIPR BRC
VIPR logo.png Логотип VIPR
Веб-сайтwww.viprbrc.org

База данных и аналитический ресурс по вирусным патогенам (ViPR) - это комплексная и всеобъемлющая общедоступная база данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализировать, сохранять и обмениваться данными по вирусным патогенам в США Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID) Списки приоритетных патогенов категории AC для исследований в области биозащиты, а также других вирусных патогенов, вызывающих новые / вновь возникающие инфекционные заболевания. ViPR является одним из пяти центров ресурсов по биоинформатике (BRC), финансируемых NIAID, компонентом Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США.

Содержание

  • 1 Семейства вирусов, охватываемые ViPR
  • 2 Типы данных в ViPR
  • 3 Инструменты анализа и визуализации в ViPR
  • 4 Ссылки
  • 5 Внешние ссылки

Семейства вирусов, охватываемые ViPR

База данных ViPR включает геномы из следующих вирусных семейств: Arenaviridae, Bunyaviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviviridae, Hepeviridae, Herpesviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae, Poxviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae и Togaviridae.

Типы данных в ViPR

Инструменты анализа и визуализации в ViPR

  • BLAST: предоставляет множество настраиваемых баз данных ViPR для определения наиболее родственных последовательностей
  • Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую пептидную последовательность, используя точное, нечеткое или сопоставление с образцом
  • Анализ вариации последовательностей ([однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариацию последовательностей, существующих в указанных последовательностях
  • Управляемый метаданными инструмент сравнительного анализа последовательностей (Meta-CATS): автоматический сравнительный статистический анализ для определения позиций на протяжении множественного выравнивания последовательностей которые значительно различаются между группами последовательностей, обладающих определенными фенотипическими характеристиками
  • Выравнивание множественных последовательностей: выравнивает небольшие геномы, последовательности генов / белков или последовательности больших вирусных геномов с использованием одного из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для выполнения конкретной работы
  • Выравнивание последовательности nt Visualization: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
  • Создание филогенетического дерева: вычисляет дерево с использованием одного из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей
  • Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штамма с цветовой кодировкой на дереве с помощью программы просмотра Archeopteryx
  • GBrowse: обеспечивает возможность просмотра генома для больших ДНК вирусных геномов (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательности ViPR для вируса осповакцины
  • Тип варианта функции последовательности (SFVT) анализ: предоставляет централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательностей в каждой определенной области
  • Визуализация структуры белка в 3D: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями последовательностей ViPR, когда это применимо, и предоставляет интерактивную трехмерную структуру белка средство просмотра с использованием Jmol
  • Genome Annotator (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем
  • Генотип D определение и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для предоставленных пользователем последовательностей и определяет возможные сайты рекомбинации для вирусов семейства Flaviviridae
  • Дизайн праймера для ПЦР: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и заданных параметров
  • ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
  • Средство отправки функции последовательности: позволяет пользователям определять функцию последовательности, заполняя веб-форму
  • Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа
  • Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-18 03:38:58
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте