Веррукомикробия
редактировать
Веррукомикробия - это тип бактерий, который включает лишь несколько описанных видов. Выявленные виды были выделены из пресной воды, морской и почвенной среды и человеческих фекалий. Ряд еще не культивируемых видов был идентифицирован в связи с эукариотическими хозяевами, включая экструзивных взрывчатых эктосимбионтов протистов и эндосимбионтов нематод обитающие в их гаметах.
Веррукомикробии распространены в окружающей среде. Считается, что у этого типа есть два сестринских типа: Chlamydiae и Lentisphaerae внутри группы PVC. Тип Verrucomicrobia можно отличить от соседних типов в группе PVC по наличию нескольких консервативных инделей сигнатуры (CSI). Эти CSI представляют собой уникальные синапоморфные характеристики, которые предполагают общее происхождение внутри Verrucomicrobia и независимую линию среди других бактерий. CSIs также были обнаружены, которые являются общими для Verrucomicrobia и Chlamydiae исключительно от всех остальных бактерий. Эти CSI свидетельствуют о том, что Chlamydiae является ближайшим родственником Verrucomicrobia и что они более тесно связаны друг с другом, чем с Planctomycetales.
Verrucomicrobia, возможно, принадлежат к кладу Planctobacteria в более крупной кладе Gracilicutes.
В 2008 году был опубликован весь геном Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp ). На единственной кольцевой хромосоме было обнаружено 2473 предсказанных белка, 731 из которых не имели поддающихся обнаружению гомологов. Эти анализы также выявили множество возможных гомологий с Proteobacteria.
Филогения
Филогения, основанная на работе All-Species Living Tree Project.
Таксономия
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот со статусом в номенклатуре (LSPN) и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- Тип VerrucomicrobiaHedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015 ]
- Род? "Candidatus Epixenosoma " ♠ Bauer et al. 2005
- Вид "Candidatus Epixenosoma ejectans " ♠ Bauer et al. 2005
- Род? ♠ Choo Cho 2006
- Род? «» ♠ Islam et al. 2008
- Род? "" ♠ van Teeseling et al. 2014
- Виды "" ♠ van Teeseling et al. 2014
- Виды "" ♠ van Teeseling et al. 2014
- Виды "" ♠ van Teeseling et al. 2014
- Приказ? "" ♠ Оп ден Кэмп 2009
- Семья "" ♠ Оп ден Кэмп 2009
- Род "" ♠ Hou et al. 2008 исправление. Оп ден Камп и др. 2009
- Виды "M. fumariolicum " ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009
- Виды «M. infernorum » ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008
- Виды "" ♠ Islam et al. 2008
- Класс? "" Sangwan et al. 2004
- Род" Candidatus "♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Вид" Ca. "♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Виды" Ca. "♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Виды" Ca. «♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Order» " Sangwan et al. 2004
- Семья "" Sangwan et al. 2004
- Род "" ♠ Sangwan et al. 2004
- Виды "" ♠ Sangwan et al. 2004
- Класс Choo et al. 2007
- Заказ Choo et al. 2007
- Семья Choo et al. 2007
- Род? "Diplosphaera " ♠ Wertz et al. 2012 non Bialosuknia 1909
- Виды "" ♠ Wertz et al. 2012
- Род Shieh and Jean 1999
- Род Chin et al. 2001
- Виды Opitutus terrae Chin et al. 2001
- Род Cephaloticoccus Lin et al. 2016
- Виды C. capnophilus Lin et al. 2016
- Виды Lin et al. 2016
- Приказ Choo et al. 2007
- Семья Choo et al. 2007
- Род Yoon et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007 (тип sp.)
- Виды "" ♠ Yoon et al. 2010
- Виды "" ♠ Yoon et al. 2010
- Род Yoon et al. 2007
- Род Yoon et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007 (тип sp.)
- Род Choo et al. 2007
- Класс VerrucomicrobiaeHedlund et al. 1998 исправление. Юн и др. 2008
- Заказ Ward-Rainey et al. 1996 исправление. Юн и др. 2008
- Семейство Verrucomicrobia подраздел 3 [Pedosphaeraceae]
- Род? "" ♠ Озюрт 2008
- Род Anders et al. 2015
- Семья Hedlund Derrien 2012
- Род Akkermansia Derrien et al. 2004
- Виды Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004
- Семья Hedlund 2012
- Род Scheuermayer et al. 2006
- Виды Yoon et al. 2011
- Виды Scheuermayer et al. 2006 (тип sp.)
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2007
- Виды Kasai et al. 2007
- Виды Yoon et al. 2007
- Семья Уорд-Рейни и др. 1996 исправление. Takeda et al. 2008
- Род? ♠ Sakai et al. 2001b
- Виды ♠ Sakai et al. 2001b
- Род Brevifollis Otsuka et al. 2013
- Род Yoon et al. 2008 исправление. Биби и др. 2011
- Виды Kang et al. 2013
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Bibi et al. 2011
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2008 (тип sp.)
- Виды Yoon et al. 2008
- Род Yoon et al. 2008
- Род Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Glaeser et al. 2012
- Виды Jiang et al. 2012
- Виды Yoon et al. 2008 (тип sp.)
- Виды Park et al. 2013
- Род Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2008
- Виды Yoon et al. 2008 (тип sp.)
- Виды Yoon et al. 2008
- Род Otsuka et al. 2013
- Род Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 исправление. Takeda et al. 2008
- Виды Lee et al. 2014
- Виды Hedlund et al. 1998
- Виды Hedlund et al. 1998
- Виды Takeda et al. 2008
- Виды (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 (тип sp.)
- Виды Hedlund et al. 1998
- Род Qiu et al. 2014
- Род Schlesner 1988
Примечания:. ♠ Штамм, обнаруженный в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не имеет отношения к Бактериологическому кодексу (1990 г. и последующая редакция), как это подробно описано в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN), в результате следующего причины:
Источники
