Заместитель министра по науке - высокопоставленная должность в Министерстве энергетики США. Эта должность была создана Законом об энергетической политике 2005 года, и 1 июня 2006 года был приведен к присяге первый заместитель министра по науке Раймонд Л. Орбах. Заместитель секретаря - назначен Президентом Соединенных Штатов и утвержден Сенатом США. В марте 2009 года Стивен Э. Кунин был назначен вместо Орбаха. Франклин (Линн) М. Орр был приведен к присяге в качестве заместителя министра по науке и энергетике 17 декабря 2014 года. и занимал эту должность до конца администрации Обамы. Пол Даббар - нынешний заместитель секретаря.
Заместитель секретаря выполняет функции советника министра энергетики по науке и технологиям, контролирует программы исследований и разработок Министерства энергетики и консультирует секретаря по поводу любых пробелов или дублирования в них. Заместитель секретаря консультирует секретаря по вопросам управления и состояния национальных лабораторий, находящихся в ведении отдела.
Заместитель секретаря также консультирует секретаря по вопросам образовательной и учебной деятельности отдела. Другие аспекты включают консультирование секретаря по вопросам координации и планирования исследовательской деятельности, консультирование секретаря по вопросам финансовой помощи для исследовательской деятельности и выполнение дополнительных обязанностей, возложенных секретарем, включая надзор и поддержку исследовательской деятельности младших помощников секретарей. Согласно закону, заместитель секретаря должен иметь «обширный опыт в области науки или техники» и «иметь высокую квалификацию для управления гражданскими программами исследований и разработок Департамента».